SBML-PET-MPI: a parallel parameter estimation tool for Systems Biology Markup Language based models
SBML-PET-MPI: a parallel parameter estimation tool for Systems Biology Markup Language based models
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr038
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发表时间：
2011-04-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Zi, Zhike
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Zi, Zhike
参数估计是生物系统建模和动态分析的关键。然而，实现参数估计是耗时和计算要求的。这里，我们介绍了一个基于系统生物学标记语言(SBML)的模型的并行参数估计工具(SBML-PET-MPI)。SBML-PET-MPI允许用户通过集体拟合多个实验数据集来执行参数估计和参数不确定性分析。该工具是使用消息传递接口(MPI)协议开发和并行化的，该协议提供了良好的可伸缩性和处理器数量。
Parameter estimation is crucial for the modeling and dynamic analysis of biological systems. However, implementing parameter estimation is time consuming and computationally demanding. Here, we introduced a parallel parameter estimation tool for Systems Biology Markup Language (SBML)-based models (SBML-PET-MPI). SBML-PET-MPI allows the user to perform parameter estimation and parameter uncertainty analysis by collectively fitting multiple experimental datasets. The tool is developed and parallelized using the message passing interface (MPI) protocol, which provides good scalability with the number of processors.