Phenogenon: Gene to Phenotype Associations for Rare Genetic Diseases
Phenogenon: Gene to Phenotype Associations for Rare Genetic Diseases
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Phenogenon：罕见遗传病的基因与表型关联
DOI：
10.1101/367292
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Murphy C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Murphy C
随着基因组测序越来越多地应用于罕见孟德尔疾病的分子诊断，大量具有不同表型的患者将其基因组和表型数据汇集在一起以揭示新的基因型-表型关系。我们介绍了Phenogenon，一种结合了人类表型本体论描述患者表型的能力，用于估计罕见变异群体频率的gnomAD和用于变异致病性预测的CADD的方法。通过使用分而治之的方法，我们在这里证明了Phenogenon能够揭示真正的基因与表型的关系，例如“ABCA 4-黄斑营养不良”和“SCN 1A-癫痫发作”。此外，它准确地推断了遗传方式，例如“ABCA 4-黄斑营养不良”关系中的隐性遗传方式和“SCN 1A-癫痫发作”关系中的显性遗传方式。我们还发现，CADD在检测早发性罕见遗传病方面比晚发性疾病更有能力。在这项研究中，我们对3288名患者进行了Phenogenon治疗。在前13个基因-表型关系中，有7个是以前已知的。我们还强调了四个潜在的新的基因-表型关系，如“SIPA 1 L3-异常视网膜电图”。
As genome sequencing is increasingly applied to molecular diagnosis of rare Mendelian disorders, large number of patients with diverse phenotypes have their genomic and phenotypic data pooled together to uncover new genotype - phenotype relations. We introduce Phenogenon, a method that combines: the power of Human Phenotype Ontology for describing patient phenotypes, gnomAD for estimating rare variant population frequency, and CADD for variant pathogenicity prediction. By using a divide and conquer approach, we demonstrate here that Phenogenon is able to uncover true gene to phenotype relations, such as“ABCA4– Macular dystrophy” and“SCN1A– Seizures”. Additionally, it accurately infers mode of inheritance, such asarecessive mode of inheritance in the case of the “ABCA4– Macular dystrophy” relationship andadominant mode of inheritance with the “SCN1A– Seizures” relationship. We also found that CADD has more power to detect early-onset rare genetic diseases than late-onset diseases. In this study, we ran Phenogenon against a diverse cohort of 3288 patients. Among the top 13 gene-phenotype relations, seven were previously known. We also highlight four potentially novel gene – phenotype relations such as “SIPA1L3– Abnormal electroretinogram”.
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影响因子：
4.4
作者：
Lindner, Moritz;Lambertus, Stanley;Fleckenstein, Monika
通讯作者：
Fleckenstein, Monika
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作者：
Marks DJ;Rahman FZ;Sewell GW;Segal AW
通讯作者：
Segal AW
影响因子：
8.1
作者：
Hull, Sarah;Attanasio, Marcella;Webster, Andrew R.
通讯作者：
Webster, Andrew R.
DOI：
10.1136/jamia.2009.001560
发表时间：
2010-09-01
影响因子：
6.4
作者：
Savova, Guergana K.;Masanz, James J.;Chute, Christopher G.
通讯作者：
Chute, Christopher G.
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影响因子：
5.6
作者：
A. Sijben;P. Sithinamsuwan;Ashalata Radhakrishnan;R. Badawy;L. Dibbens;A. Mazarib;D. Lev;T. Lerman;R. Straussberg;S. Berkovic;I. Scheffer
通讯作者：
I. Scheffer