The Papillomavirus Episteme: a central resource for papillomavirus sequence data and analysis.
The Papillomavirus Episteme: a central resource for papillomavirus sequence data and analysis.
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DOI：
10.1093/nar/gks984
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
McBride AA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Van Doorslaer K;Tan Q;Xirasagar S;Bandaru S;Gopalan V;Mohamoud Y;Huyen Y;McBride AA
乳头瘤病毒感染（PaVE）的目标是为乳头瘤病毒（PV）基因组序列和相关信息的分析提供综合资源。PaVE是一种可免费访问的基于网络的工具（pave.niaid.nih.gov），它是围绕关系数据库创建的，能够存储、分析和交换序列信息。从设计的角度来看，PaVE采用开源软件方法，并强调现有工具的集成和重用。参考PV基因组序列已从公开可用的数据库中提取，并使用定制的工具重新注释。迄今为止，PaVE包含241个注释的PV基因组，2245个基因和区域，2004个蛋白质序列和47个蛋白质结构，用户可以探索，分析或下载。PaVE为科学家提供了加速研究和治疗PV引起的疾病的科学进步所需的数据和工具。
The goal of the Papillomavirus Episteme (PaVE) is to provide an integrated resource for the analysis of papillomavirus (PV) genome sequences and related information. The PaVE is a freely accessible, web-based tool (http://pave.niaid.nih.gov) created around a relational database, which enables storage, analysis and exchange of sequence information. From a design perspective, the PaVE adopts an Open Source software approach and stresses the integration and reuse of existing tools. Reference PV genome sequences have been extracted from publicly available databases and reannotated using a custom-created tool. To date, the PaVE contains 241 annotated PV genomes, 2245 genes and regions, 2004 protein sequences and 47 protein structures, which users can explore, analyze or download. The PaVE provides scientists with the data and tools needed to accelerate scientific progress for the study and treatment of diseases caused by PVs.
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