Identifying gene interaction networks.
Identifying gene interaction networks.
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DOI：
10.1007/978-1-61779-555-8_26
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Bebek G
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Bebek G
在本章中，我们将通过描述交互网络的生成方式、存储位置以及共享方式来介绍交互网络。我们专注于公开可用的交互网络，并描述了一个简单的方式来利用这些资源。作为一个案例研究，我们使用Cytoscape，一个开源且易于使用的网络可视化和分析工具，首先收集和可视化一个小型网络。我们已经分析了这个网络的拓扑特征，并通过整合基因本体数据库来研究网络节点的功能丰富性。所描述的方法适用于可以从各种资源收集的较大网络。
In this chapter, we introduce interaction networks by describing how they are generated, where they are stored, and how they are shared. We focus on publicly available interaction networks and describe a simple way of utilizing these resources. As a case study, we used Cytoscape, an open source and easy-to-use network visualization and analysis tool to first gather and visualize a small network. We have analyzed this network’s topological features and have looked at functional enrichment of the network nodes by integrating the gene ontology database. The methods described are applicable to larger networks that can be collected from various resources.