Massively multiplex single-cell Hi-C.
Massively multiplex single-cell Hi-C.
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DOI：
10.1038/nmeth.4155
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发表时间：
2017-03
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Shendure J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ramani V;Deng X;Qiu R;Gunderson KL;Steemers FJ;Disteche CM;Noble WS;Duan Z;Shendure J
我们提出了单细胞组合索引Hi-C（sciHi-C），它将组合细胞索引的概念应用于染色体构象捕获。在这个概念验证中，我们生成并测序了6个sciHi-C文库，共包含10，696个单细胞。我们使用sciHi-C数据通过核型和细胞周期状态差异来分离细胞，并识别哺乳动物染色体构象中的细胞间异质性。我们的研究结果表明，组合索引是单细胞基因组学的一个可推广的策略。
We present single-cell combinatorial indexed Hi-C (sciHi-C), which applies the concept of combinatorial cellular indexing to chromosome conformation capture. In this proof-of-concept, we generate and sequence six sciHi-C libraries comprising a total of 10,696 single cells. We use sciHi-C data to separate cells by karytoypic and cell-cycle state differences and identify cell-to-cell heterogeneity in mammalian chromosomal conformation. Our results demonstrate that combinatorial indexing is a generalizable strategy for single-cell genomics.