Development and validation of a clinical cancer genomic profiling test based on massively parallel DNA sequencing.
Development and validation of a clinical cancer genomic profiling test based on massively parallel DNA sequencing.
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DOI：
10.1038/nbt.2696
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发表时间：
2013-11
影响因子：
46.9
通讯作者：
Yelensky R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Frampton GM;Fichtenholtz A;Otto GA;Wang K;Downing SR;He J;Schnall-Levin M;White J;Sanford EM;An P;Sun J;Juhn F;Brennan K;Iwanik K;Maillet A;Buell J;White E;Zhao M;Balasubramanian S;Terzic S;Richards T;Banning V;Garcia L;Mahoney K;Zwirko Z;Donahue A;Beltran H;Mosquera JM;Rubin MA;Dogan S;Hedvat CV;Berger MF;Pusztai L;Lechner M;Boshoff C;Jarosz M;Vietz C;Parker A;Miller VA;Ross JS;Curran J;Cronin MT;Stephens PJ;Lipson D;Yelensky R
随着更多具有临床相关性的癌症基因被确定，需要综合的诊断方法来为患者匹配治疗方案，这就对那些检测因多种机制而改变的数百万个癌症基因组碱基的检测方法的优化和分析验证提出了挑战。在此，我们描述了一种基于大规模平行DNA测序的检测方法，用于对来自常规福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）临床样本的287个癌症相关基因的碱基替换、短插入和缺失（插入缺失）、拷贝数改变以及选定的融合进行特征分析。我们采用了一种实用的验证策略，使用混合细胞系的参考样本，这些样本模拟了准确性的关键决定因素，包括突变等位基因频率、插入缺失长度和拷贝变化幅度。所达到的检测灵敏度在各种变异类型中为95% - 99%，且具有高特异性（阳性预测值>99%）。我们使用249个经现有检测方法鉴定的FFPE癌症样本确认了准确性。将该检测应用于2221个临床病例，结果显示76%的肿瘤存在具有临床可操作性的变异，是当前诊断检测所发现的可操作变异数量的三倍。
As more clinically relevant cancer genes are identified, comprehensive diagnostic approaches are needed to match patients to therapies, raising the challenge of optimization and analytical validation of assays that interrogate millions of bases of cancer genomes altered by multiple mechanisms. Here we describe a test based on massively parallel DNA sequencing to characterize base substitutions, short insertions and deletions (indels), copy number alterations and selected fusions across 287 cancer-related genes from routine formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) clinical specimens. We implemented a practical validation strategy with reference samples of pooled cell lines that model key determinants of accuracy, including mutant allele frequency, indel length and amplitude of copy change. Test sensitivity achieved was 95–99% across alteration types, with high specificity (positive predictive value >99%). We confirmed accuracy using 249 FFPE cancer specimens characterized by established assays. Application of the test to 2,221 clinical cases revealed clinically actionable alterations in 76% of tumors, three times the number of actionable alterations detected by current diagnostic tests.
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