Whole-genome sequencing of rare disease patients in a national healthcare system
Whole-genome sequencing of rare disease patients in a national healthcare system
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国家医疗保健系统中罕见疾病患者的全基因组测序
DOI：
10.1101/507244
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ouwehand W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ouwehand W
大多数罕见疾病的患者没有得到分子诊断，超过一半的这种疾病的病因变异和中介基因仍有待发现。我们在国家医疗保健系统中实施了全基因组测序(WGS)，以简化诊断并在基因组的编码区和非编码区发现未知的病原学变异。在100,000基因组计划的一项试点研究中，我们为13,037名参与者生成了WGS数据，其中9,802人患有一种罕见疾病，并为7,065名患者中的1,138人提供了详细的表型数据的基因诊断。我们确定了95个孟德尔基因与罕见疾病之间的关联，其中11个是自2015年以来被发现的，至少79个是确认的病因。利用英国生物库的WGS，我们发现罕见的等位基因可以解释一些个体存在于定量红细胞(RBC)性状的尾部。最后，我们报道了4个新的非编码变异体，它们通过ARPC1B、GATA1、LRBA和MPL的转录中断而导致疾病。我们的研究表明，在常规医疗保健中使用WGS进行诊断和病原学发现具有协同作用。
Most patients with rare diseases do not receive a molecular diagnosis and the aetiological variants and mediating genes for more than half such disorders remain to be discovered. We implemented whole-genome sequencing (WGS) in a national healthcare system to streamline diagnosis and to discover unknown aetiological variants, in the coding and non-coding regions of the genome. In a pilot study for the 100,000 Genomes Project, we generated WGS data for 13,037 participants, of whom 9,802 had a rare disease, and provided a genetic diagnosis to 1,138 of the 7,065 patients with detailed phenotypic data. We identified 95 Mendelian associations between genes and rare diseases, of which 11 have been discovered since 2015 and at least 79 are confirmed aetiological. Using WGS of UK Biobank, we showed that rare alleles can explain the presence of some individuals in the tails of a quantitative red blood cell (RBC) trait. Finally, we reported 4 novel non-coding variants which cause disease through the disruption of transcription ofARPC1B,GATA1,LRBAandMPL. Our study demonstrates a synergy by using WGS for diagnosis and aetiological discovery in routine healthcare.
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通讯作者：
Kile BT