Response to comment on 'Valid molecular dynamics simulations of human hemoglobin require a surprisingly large box size'
Response to comment on 'Valid molecular dynamics simulations of human hemoglobin require a surprisingly large box size'
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DOI：
10.7554/elife.45318
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发表时间：
2019-06-20
期刊：
影响因子：
7.7
通讯作者：
Karplus, Martin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
El Hage, Krystel;Hedin, Florent;Karplus, Martin
我们最近报道了血红蛋白的分子动力学模拟需要令人惊讶的大盒子尺寸来稳定相对于R（0）的T（0）状态，如在实验中观察到的（El Hage等人，2018年）。Gapsys和de Groot对这项工作进行了评论，但没有提供令人信服的证据证明El Hage等人的结论，2018年是不正确的。在这里，我们回应这些问题，认为我们原来的结论仍然有效，并提出我们自己的一些结果报告中的评论Gapsys和德格鲁特，需要澄清的关注。
We recently reported that molecular dynamics simulations for hemoglobin require a surprisingly large box size to stabilize the T(0) state relative to R(0), as observed in experiments (El Hage et al., 2018). Gapsys and de Groot have commented on this work but do not provide convincing evidence that the conclusions of El Hage et al., 2018 are incorrect. Here we respond to these concerns, argue that our original conclusions remain valid, and raise our own concerns about some of the results reported in the comment by Gapsys and de Groot that require clarification.