PrimerProspector: de novo design and taxonomic analysis of barcoded polymerase chain reaction primers.
PrimerProspector: de novo design and taxonomic analysis of barcoded polymerase chain reaction primers.
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PrimerProspector：条形码聚合酶链反应引物的从头设计和分类分析。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr087
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发表时间：
2011-04-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Knight R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Walters WA;Caporaso JG;Lauber CL;Berg-Lyons D;Fierer N;Knight R
动机：在高通量测序技术的许多应用中，DNA的PCR扩增是关键的初步步骤，然而设计新的条形码引物以及对新的或现有引物进行分类分析仍然是一项具有挑战性的任务。结果：PrimerProspector是一个开源软件包，允许研究人员从序列集合中开发新的引物，并在分类数据的背景下评估现有的引物。可用性：PrimerProspector是开源软件，可在http://pprospector.sourceforge.net上获得联系方式：rob.knight@colorado.edu补充信息：补充数据可在Bioinformatics在线获取。
Motivation: PCR amplification of DNA is a key preliminary step in many applications of high-throughput sequencing technologies, yet design of novel barcoded primers and taxonomic analysis of novel or existing primers remains a challenging task. Results: PrimerProspector is an open-source software package that allows researchers to develop new primers from collections of sequences and to evaluate existing primers in the context of taxonomic data. Availability: PrimerProspector is open-source software available at http://pprospector.sourceforge.net Contact: rob.knight@colorado.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
12.3
作者：
Knight R;Maxwell P;Birmingham A;Carnes J;Caporaso JG;Easton BC;Eaton M;Hamady M;Lindsay H;Liu Z;Lozupone C;McDonald D;Robeson M;Sammut R;Smit S;Wakefield MJ;Widmann J;Wikman S;Wilson S;Ying H;Huttley GA
通讯作者：
Huttley GA
高度平行的焦索测序者产生的16S rRNA序列的准确分类学分配。
影响因子：
14.9
作者：
Liu Z;DeSantis TZ;Andersen GL;Knight R
通讯作者：
Knight R
DOI：
10.1073/pnas.1000080107
发表时间：
2011-03-15
影响因子：
11.1
作者：
Caporaso, J. Gregory;Lauber, Christian L.;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob
影响因子：
4.4
作者：
Wang, Qiong;Garrity, George M.;Cole, James R.
通讯作者：
Cole, James R.
影响因子：
14.9
作者：
Ashelford, KE;Weightman, AJ;Fry, JC
通讯作者：
Fry, JC