iDrug: a web-accessible and interactive drug discovery and design platform.
iDrug: a web-accessible and interactive drug discovery and design platform.
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iDrug：可通过网络访问的交互式药物发现和设计平台
DOI：
10.1186/1758-2946-6-28
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发表时间：
2014
影响因子：
8.6
通讯作者：
Li H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang X;Chen H;Yang F;Gong J;Li S;Pei J;Liu X;Jiang H;Lai L;Li H
背景过去几十年来计算机辅助药物设计（CADD）方法的进步加速了早期药物研究。学术界已经开发了许多强大的 CADD 独立工具。由于程序是由各个研究小组开发的，因此需要一个一致的用户友好的在线图形工作环境，结合药效团作图、相似性计算、评分和目标识别等计算技术。结果我们提出了一种基于药效团和3D分子相似性搜索的计算机辅助药物设计的多功能、用户友好且高效的在线工具。 Web 界面通过与所有适配包（例如 Cavity、PocketV.2、PharmMapper、SHAFTS）的无缝接口，以交互方式实现结合位点检测、虚拟筛选命中识别和药物靶标预测。几个用于命中识别的商用化合物数据库和用于药物靶标预测的注释良好的药效团数据库也集成在 iDrug 中。 Web 界面提供了用于实时分子构建/编辑、转换、显示和分析的工具。所有功能模块的定制配置都可以通过提供的特色会话文件进行访问，该会话文件可以保存到本地磁盘并上传以恢复或更新历史工作。 结论siDrug易于使用，为进行药物设计实验提供了一种新颖、快速、可靠的工具。通过使用iDrug，可以在一个浏览器中简单地提交和可视化各种分子设计处理任务，而无需在本地安装任何独立的建模软件。iDrug可以免费访问http://lilab.ecust.edu.cn/idrug。
BackgroundThe progress in computer-aided drug design (CADD) approaches over the past decades accelerated the early-stage pharmaceutical research. Many powerful standalone tools for CADD have been developed in academia. As programs are developed by various research groups, a consistent user-friendly online graphical working environment, combining computational techniques such as pharmacophore mapping, similarity calculation, scoring, and target identification is needed.ResultsWe presented a versatile, user-friendly, and efficient online tool for computer-aided drug design based on pharmacophore and 3D molecular similarity searching. The web interface enables binding sites detection, virtual screening hits identification, and drug targets prediction in an interactive manner through a seamless interface to all adapted packages (e.g., Cavity, PocketV.2, PharmMapper, SHAFTS). Several commercially available compound databases for hit identification and a well-annotated pharmacophore database for drug targets prediction were integrated iniDrug as well. The web interface provides tools for real-time molecular building/editing, converting, displaying, and analyzing. All the customized configurations of the functional modules can be accessed through featured session files provided, which can be saved to the local disk and uploaded to resume or update the history work.ConclusionsiDrug is easy to use, and provides a novel, fast and reliable tool for conducting drug design experiments. By usingiDrug, various molecular design processing tasks can be submitted and visualized simply in one browser without installing locally any standalone modeling softwares.iDrug is accessible free of charge at http://lilab.ecust.edu.cn/idrug .
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