An in silico study of the effect of SOD1 electrostatic loop dynamics on amyloid‑like filament formation.
An in silico study of the effect of SOD1 electrostatic loop dynamics on amyloid‑like filament formation.
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DOI：
10.1007/s00249-016-1163-9
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发表时间：
2016-12
影响因子：
2
通讯作者：
Cervantes, Luis
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Healy, Eamonn F.;Cervantes, Luis
超氧化物歧化酶 [Cu-Zn] 或 SOD1 是一种同型二聚体蛋白，通过清除超氧化物发挥抗氧化剂的作用。多种 SOD1 变异与遗传性或家族性肌萎缩侧索硬化症（一种进行性且致命的神经退行性疾病）有关。异常的 SOD1 寡聚化与疾病的病因密切相关，甚至对于散发性 ALS 或 SALS（约占 ALS 病例的 90%）也是如此。小热休克蛋白 (sHSP) 已被证明可以在体外防止淀粉样纤维形成，并且 sHSP αB-晶状体蛋白在体外抑制 SOD1 聚集。我们正在寻求阐明 SOD1 淀粉样蛋白形成和 αB-晶状体蛋白淀粉样蛋白抑制的结构特征。具体来说，我们使用灵活的对接协议来完善我们的 SOD1 非专性四聚体模型，假设其作为瞬态去溶剂化复合物发挥作用。同源建模和分子动力学 (MD) 用于提供先前表征的 SOD1 淀粉样蛋白丝中缺失的结构元件，从而为观察到的相互作用增益提供结构分析。然后使用 MD 进一步修改此完成的细丝，以提供 αB-晶状体蛋白对 SOD1 细丝进行原纤维封端的结构模型。
Superoxide dismutase [Cu–Zn], or SOD1, is a homo-dimeric protein that functions as an antioxidant by scavenging for superoxides. A wide range of SOD1 variants are linked to inherited, or familial, amyotrophic lateral sclerosis, a progressive and fatal neurodegenerative disease. Aberrant SOD1 oligomerization has been strongly implicated in disease causation, even for sporadic ALS, or SALS, which accounts for ~90 % of ALS cases. Small heat shock proteins (sHSP) have been shown to protect against amyloid fibril formation in vitro, and the sHSP αB-crystallin suppresses in vitro aggregation of SOD1. We are seeking to elucidate the structural features of both SOD1 amyloid formation and αB-crystallin amyloid suppression. Specifically, we have used a flexible docking protocol to refine our model of a SOD1 non-obligate tetramer, postulated to function as a transient desolvating complex. Homology modeling and molecular dynamics (MD) are used to supply the missing structural elements of a previously characterized SOD1 amyloid filament, thereby providing a structural analysis for the observed gain of interaction. This completed filament is then further modified using MD to provide a structural model for protofibril capping of SOD1 filaments by αB-crystallin.
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影响因子：
3.4
作者：
Fernández, A;Scott, R
通讯作者：
Scott, R
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5.6
作者：
Gu, LX;Abulimiti, A;Chang, ZY
通讯作者：
Chang, ZY
影响因子：
3
作者：
BROOKS, BR;BRUCCOLERI, RE;KARPLUS, M
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KARPLUS, M
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4.5
作者：
Bilen, Julide;Bonini, Nancy M.
通讯作者：
Bonini, Nancy M.
DOI：
10.1038/nsb935
发表时间：
2003-06-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Elam, JS;Taylor, AB;Hart, PJ
通讯作者：
Hart, PJ