HERMES: a molecular-formula-oriented method to target the metabolome.
HERMES: a molecular-formula-oriented method to target the metabolome.
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爱马仕：一种针对代谢组的分子形成方法。
DOI：
10.1038/s41592-021-01307-z
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发表时间：
2021-11
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Yanes, Oscar
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gine, Roger;CapeHades, Jordi;Badia, Josep M.;Vughs, Dennis;Schwaiger-Haber, Michaela;Alexandrov, Theodore;Vinaixa, Maria;Brunner, Andrea M.;Patti, Gary J.;Yanes, Oscar
全面的代谢组分析对生物医学、环境和生物技术研究至关重要。然而，目前在非靶向代谢组学中基于MS1和ms2的采集和数据分析策略导致代谢物的识别率较低。在这里，我们提出了HERMES，一种面向分子式和无峰检测的方法，它使用原始LC/MS1信息来优化MS2的获取。通过对环境水、大肠杆菌和人血浆提取物的研究，我们获得了更高的MS2扫描的生物特异性，与最先进的数据依赖采集（DDA）方法相比，提高了质谱相似性评分和识别率。因此，HERMES提高了代谢物的灵敏度、选择性和注释。HERMES是一个R软件包，具有用户友好的图形界面，用于数据分析和可视化。
Comprehensive metabolome analyses are essential for biomedical, environmental, and biotechnological research. However, current MS1- and MS2-based acquisition and data analysis strategies in untargeted metabolomics result in low identification rates of metabolites. Here we present HERMES, a molecular-formula-oriented and peak-detection-free method that uses raw LC/MS1 information to optimize MS2 acquisition. Investigating environmental water, Escherichia coli, and human plasma extracts with HERMES, we achieved an increased biological specificity of MS2 scans, leading to improved mass spectral similarity scoring and identification rates when compared with a state-of-the-art data-dependent acquisition (DDA) approach. Thus, HERMES improves sensitivity, selectivity, and annotation of metabolites. HERMES is available as an R package with a user-friendly graphical interface for data analysis and visualization.
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影响因子：
8.6
作者：
Djoumbou-Feunang, Yannick;Fiamoncini, Jarlei;Wishart, David S.
通讯作者：
Wishart, David S.
影响因子：
48
作者：
Huan T;Forsberg EM;Rinehart D;Johnson CH;Ivanisevic J;Benton HP;Fang M;Aisporna A;Hilmers B;Poole FL;Thorgersen MP;Adams MWW;Krantz G;Fields MW;Robbins PD;Niedernhofer LJ;Ideker T;Majumder EL;Wall JD;Rattray NJW;Goodacre R;Lairson LL;Siuzdak G
通讯作者：
Siuzdak G
影响因子：
7.4
作者：
Mahieu NG;Patti GJ
通讯作者：
Patti GJ
影响因子：
7.4
作者：
Domingo-Almenara X;Montenegro-Burke JR;Benton HP;Siuzdak G
通讯作者：
Siuzdak G
影响因子：
7.4
作者：
Domingo-Almenara, Xavier;Montenegro-Burke, J. Rafael;Siuzdak, Gary
通讯作者：
Siuzdak, Gary