The Ever-Expanding Pseudomonas Genus: Description of 43 New Species and Partition of the Pseudomonas putida Group.
The Ever-Expanding Pseudomonas Genus: Description of 43 New Species and Partition of the Pseudomonas putida Group.
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DOI：
10.3390/microorganisms9081766
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发表时间：
2021-08-18
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
De Mot R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Girard L;Lood C;Höfte M;Vandamme P;Rokni-Zadeh H;van Noort V;Lavigne R;De Mot R
假单胞菌属具有广泛的遗传多样性，是革兰氏阴性菌中最大的属之一。假单胞菌的模式菌株是众所周知的，代表这种多样性的一小部分，可利用的假单胞菌基因组序列的数量正在迅速增加。因此，新的假单胞菌物种定期报告，属内的物种数量不断演变。在这项研究中，全基因组测序使我们能够定义43个新的假单胞菌物种，并提供了一个更新的假单胞菌的进化和分类关系。基于rpoD基因和全基因组序列的系统发育，分别包括假单胞菌的316和313型菌株，揭示了假单胞菌的16个组，以及环脂肽生物合成基因簇的分布，使得能够将恶臭假单胞菌组划分为15个亚组。计算假单胞菌的典型菌株和选择的60个非典型菌株的基因组之间的成对平均核苷酸同一性。41株菌株在种水平上被错误地分配，其中19株菌株被证明代表另外13种新的假单胞菌属，仍有待正式分类。这项工作指出了正确的分类分配和系统发育分类的重要性，以进行综合研究连接的遗传多样性，生活方式和代谢潜力的假单胞菌。
The genus Pseudomonas hosts an extensive genetic diversity and is one of the largest genera among Gram-negative bacteria. Type strains of Pseudomonas are well known to represent only a small fraction of this diversity and the number of available Pseudomonas genome sequences is increasing rapidly. Consequently, new Pseudomonas species are regularly reported and the number of species within the genus is constantly evolving. In this study, whole genome sequencing enabled us to define 43 new Pseudomonas species and provide an update of the Pseudomonas evolutionary and taxonomic relationships. Phylogenies based on the rpoD gene and whole genome sequences, including, respectively, 316 and 313 type strains of Pseudomonas, revealed sixteen groups of Pseudomonas and, together with the distribution of cyclic lipopeptide biosynthesis gene clusters, enabled the partitioning of the P. putida group into fifteen subgroups. Pairwise average nucleotide identities were calculated between type strains and a selection of 60 genomes of non-type strains of Pseudomonas. Forty-one strains were incorrectly assigned at the species level and among these, 19 strains were shown to represent an additional 13 new Pseudomonas species that remain to be formally classified. This work pinpoints the importance of correct taxonomic assignment and phylogenetic classification in order to perform integrative studies linking genetic diversity, lifestyle, and metabolic potential of Pseudomonas spp.
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影响因子：
--
作者：
Auch AF;von Jan M;Klenk HP;Göker M
通讯作者：
Göker M
DOI：
10.1099/ijs.0.056994-0
发表时间：
2014-02-01
影响因子：
2.8
作者：
Meier-Kolthoff, Jan P.;Klenk, Hans-Peter;Goeker, Markus
通讯作者：
Goeker, Markus
影响因子：
3
作者：
Meier-Kolthoff JP;Auch AF;Klenk HP;Göker M
通讯作者：
Göker M
影响因子：
2.8
作者：
Dubern, Jean-Frederic;Coppoolse, Eric R.;Bloemberg, Guido V.
通讯作者：
Bloemberg, Guido V.
影响因子：
2.6
作者：
Bernat, Przemyslaw;Nesme, Joseph;Plaza, Grazyna
通讯作者：
Plaza, Grazyna