Loss of loop adenines alters human telomere d[AG3(TTAG3)3] quadruplex folding.
Loss of loop adenines alters human telomere d[AG3(TTAG3)3] quadruplex folding.
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DOI：
10.1093/nar/gku1245
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发表时间：
2014-12-16
影响因子：
14.9
通讯作者：
Vorlíčková M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Babinský M;Fiala R;Kejnovská I;Bednářová K;Marek R;Sagi J;Sklenář V;Vorlíčková M
无碱基 (AP) 损伤是细胞 DNA 中最常见的损伤类型。在这里，我们描述了 AP 位点取代人类端粒 DNA 5'-d[AG3(TTAG3)3] 在 K+ 中形成的四链体的第一 (ap7)、第二 (ap13) 或第三 (ap19) 环中的 2'-脱氧腺苷的构象效应。 CD 谱和电泳表明 AP 位点的存在不会阻碍分子内四链体的形成。 NMR谱显示，与野生型相比，ap7和ap19的结构异质性显着降低。这两个（ap7 和 ap19）序列分别采用 Hybrid-1 和 Hybrid-2 四联拓扑，AP 站点位于螺旋桨状环路中。所有三个研究的序列在脱水乙醇溶液中都很容易转化为平行四联体。因此，任何环区域中的AP位点都有利于螺旋桨环的形成。即使在没有乙醇的情况下，所有腺嘌呤被 AP 位点取代也能稳定平行四联体。虽然鸟嘌呤是四联体稳定性的主要决定因素，但环腺嘌呤的存在或不存在显着影响四联体折叠。人类端粒 DNA 中天然存在的腺嘌呤缺乏位点可以改变体内四链体拓扑结构，从而产生潜在的重要生物学后果。
Abasic (AP) lesions are the most frequent type of damages occurring in cellular DNA. Here we describe the conformational effects of AP sites substituted for 2′-deoxyadenosine in the first (ap7), second (ap13) or third (ap19) loop of the quadruplex formed in K+ by the human telomere DNA 5′-d[AG3(TTAG3)3]. CD spectra and electrophoresis reveal that the presence of AP sites does not hinder the formation of intramolecular quadruplexes. NMR spectra show that the structural heterogeneity is substantially reduced in ap7 and ap19 as compared to that in the wild-type. These two (ap7 and ap19) sequences are shown to adopt the hybrid-1 and hybrid-2 quadruplex topology, respectively, with AP site located in a propeller-like loop. All three studied sequences transform easily into parallel quadruplex in dehydrating ethanol solution. Thus, the AP site in any loop region facilitates the formation of the propeller loop. Substitution of all adenines by AP sites stabilizes the parallel quadruplex even in the absence of ethanol. Whereas guanines are the major determinants of quadruplex stability, the presence or absence of loop adenines substantially influences quadruplex folding. The naturally occurring adenine-lacking sites in the human telomere DNA can change the quadruplex topology in vivo with potentially vital biological consequences.
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影响因子：
3.9
作者：
Guedin, Aurore;De Cian, Anne;Mergny, Jean-Louis
通讯作者：
Mergny, Jean-Louis
DOI：
10.1093/nass/nrn090
发表时间：
2008-01-01
期刊：
Nucleic acids symposium series (2004)
影响因子：
--
作者：
Esposito, V;Oliviero, G;Galeone, A
通讯作者：
Galeone, A
影响因子：
2.9
作者：
Beckett, Joshua;Burns, Jacob;Tornaletti, Silvia
通讯作者：
Tornaletti, Silvia
影响因子：
14.9
作者：
Ambrus A;Chen D;Dai J;Bialis T;Jones RA;Yang D
通讯作者：
Yang D
影响因子：
14.9
作者：
Lim KW;Ng VC;Martín-Pintado N;Heddi B;Phan AT
通讯作者：
Phan AT