The proBAM and proBed standard formats: enabling a seamless integration of genomics and proteomics data
The proBAM and proBed standard formats: enabling a seamless integration of genomics and proteomics data
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proBAM 和 proBed 标准格式：实现基因组学和蛋白质组学数据的无缝集成
DOI：
10.1101/152579
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Menschaert G
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Menschaert G
代表人类蛋白质组组织（HUPO）蛋白质组学标准倡议，我们在这里介绍两种新的标准数据格式，proBAM和proBed，已开发，以解决目前的挑战，整合基于质谱的蛋白质组学数据与基因组学和转录组学信息的蛋白质组学研究。proBAM和proBed分别是定义明确的、广泛使用的文件格式SAM/BAM和BED的改编版本，两者都经过扩展以满足蛋白质组学数据所带来的特定要求。因此，现有流行的基因组学工具，如SAMtools和Bedtools，以及几个广泛使用的基因组浏览器，已经可以用来操作和可视化这些格式“开箱即用”。我们还强调，一些特定的附加软件工具，适当地支持这些格式的蛋白质组学信息，现在提供的功能，如文件生成，文件转换和数据分析。所有相关文档，包括详细的文件格式规范和示例文件，可在 http://www.psidev.info/probam 和 http://www.psidev.info/probed .
On behalf of The Human Proteome Organization (HUPO) Proteomics Standards Initiative, we introduce here two novel standard data formats, proBAM and proBed, that have been developed to address the current challenges of integrating mass spectrometry-based proteomics data with genomics and transcriptomics information in proteogenomics studies. proBAM and proBed are adaptations of the well-defined, widely used file formats SAM/BAM and BED, respectively, and both have been extended to meet the specific requirements entailed by proteomics data. Therefore, existing popular genomics tools such as SAMtools and Bedtools, and several widely used genome browsers, can already be used to manipulate and visualize these formats “out-of-the-box.” We also highlight that a number of specific additional software tools, properly supporting the proteomics information available in these formats, are now available providing functionalities such as file generation, file conversion, and data analysis. All the related documentation, including the detailed file format specifications and example files, are accessible at http://www.psidev.info/probam and at http://www.psidev.info/probed .
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