Inverse Sequence Alignment from Partial Examples
Inverse Sequence Alignment from Partial Examples
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部分示例的逆序列比对
DOI：
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发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
J. Kececioglu
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Eagu Kim;J. Kececioglu
当比对生物序列时，比对评分函数的参数值的选择是关键的。例如，空位罚分的微小变化可以产生根本不同的比对。计算适合于生物序列的参数值的严格方式是逆参数序列比对。给定生物学正确比对的示例的集合，这是找到使示例比对得分接近最优的参数值的问题。我们扩展以前的工作逆对齐部分的例子和改进的模型的基础上，最大限度地减少平均误差的例子。基准生物比对的实验表明，我们可以找到在蛋白质家族中推广的参数，并将多序列比对的恢复率提高高达25%。
When aligning biological sequences, the choice of parameter values for the alignment scoring function is critical. Small changes in gap penalties, for example, can yield radically different alignments. A rigorous way to compute parameter values that are appropriate for biological sequences is inverse parametric sequence alignment. Given a collection of examples of biologically correct alignments, this is the problem of finding parameter values that make the example alignments score close to optimal. We extend prior work on inverse alignment to partial examples and to an improved model based on minimizing the average error of the examples. Experiments on benchmark biological alignments show we can find parameters that generalize across protein families and that boost the recovery rate for multiple sequence alignment by up to 25%.