Coding-sequence determinants of gene expression in Escherichia coli.
Coding-sequence determinants of gene expression in Escherichia coli.
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DOI：
10.1126/science.1170160
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发表时间：
2009-04-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Plotkin JB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kudla G;Murray AW;Tollervey D;Plotkin JB
同义突变不会改变编码的蛋白质，但会影响基因的表达。为了研究这一机制，我们设计了一个由154个基因组成的合成库，这些基因在同义位点上随机变化，但都编码相同的绿色荧光蛋白。当在大肠杆菌中表达时，GFP蛋白水平在整个文库中变化了250倍。GFP信使核糖核酸水平、信使核糖核酸降解模式和细菌生长速率也不同，但密码子偏好性与基因表达无关。相反，核糖体结合部位附近的mRNA折叠的稳定性解释了蛋白质水平一半以上的变化。在我们的分析中，mRNA折叠和相关的翻译起始率在决定单个基因的表达水平方面起着主导作用，而密码子偏向影响整体翻译效率和细胞适应性。
Synonymous mutations do not alter the encoded protein, but they can influence gene expression. To investigate the mechanisms, we engineered a synthetic library of 154 genes that vary randomly at synonymous sites, but all encode the same green fluorescent protein. When expressed in E. coli, GFP protein levels varied 250-fold across the library. GFP mRNA levels, mRNA degradation patterns, and bacterial growth rates also varied, but codon bias did not correlate with gene expression. Rather, the stability of mRNA folding near the ribosomal binding site explained over half the variation in protein levels. In our analysis, mRNA folding and associated rates of translation initiation play a predominant role in shaping expression levels of individual genes, whereas codon bias influences global translation efficiency and cellular fitness.
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影响因子：
7
作者：
Lithwick, G;Margalit, H
通讯作者：
Margalit, H
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作者：
Qing, GL;Xia, B;Inouye, M
通讯作者：
Inouye, M
影响因子：
64.8
作者：
HALL, MN;GABAY, J;SCHWARTZ, M
通讯作者：
SCHWARTZ, M
DOI：
10.1073/pnas.0504070102
发表时间：
2005-10-04
影响因子：
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作者：
Drummond, DA;Bloom, JD;Arnold, FH
通讯作者：
Arnold, FH
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5.6
作者：
IKEMURA, T
通讯作者：
IKEMURA, T