Mustache: multi-scale detection of chromatin loops from Hi-C and Micro-C maps using scale-space representation.
Mustache: multi-scale detection of chromatin loops from Hi-C and Micro-C maps using scale-space representation.
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Mustache：使用尺度空间表示的Hi-C和Micro-C图的染色质环的多尺度检测。
DOI：
10.1186/s13059-020-02167-0
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发表时间：
2020-09-30
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Ay F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roayaei Ardakany A;Gezer HT;Lonardi S;Ay F
我们提出了胡子，一种新的方法，用于多尺度检测染色质环的Hi-C和Micro-C接触图。Mustache采用了计算机视觉的一项技术进步--尺度空间理论，来检测接触图中的斑点状物体。Mustache可扩展到重复之间以及Hi-C和Micro-C数据集之间高度一致的重复分辨率映射和报告循环。与其他环调用程序（如HiCCUPS和SIP）相比，Mustache恢复了更多数量的已发表的ChIA-PET和HiChIP环以及将启动子连接到调控元件的环。总的来说，Mustache可以有效和全面地分析染色质环。可在以下网址获得：https://github.com/ay-lab/mustache。
We present Mustache, a new method for multi-scale detection of chromatin loops from Hi-C and Micro-C contact maps. Mustache employs scale-space theory, a technical advance in computer vision, to detect blob-shaped objects in contact maps. Mustache is scalable to kilobase-resolution maps and reports loops that are highly consistent between replicates and between Hi-C and Micro-C datasets. Compared to other loop callers, such as HiCCUPS and SIP, Mustache recovers a higher number of published ChIA-PET and HiChIP loops as well as loops linking promoters to regulatory elements. Overall, Mustache enables an efficient and comprehensive analysis of chromatin loops. Available at: https://github.com/ay-lab/mustache.
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通讯作者：
Cavalli G
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
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