Human Lin28 Forms a High-Affinity 1:1 Complex with the 106~363 Cluster miRNA miR-363.
Human Lin28 Forms a High-Affinity 1:1 Complex with the 106~363 Cluster miRNA miR-363.
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DOI：
10.1021/acs.biochem.6b00682
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发表时间：
2016-09-13
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Antson, Alfred A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Peters, Daniel T.;Fung, Herman K. H.;Levdikov, Vladimir M.;Irmscher, Tobias;Warrander, Fiona C.;Greive, Sandra J.;Kovalevskiy, Oleg;Isaacs, Harry V.;Coles, Mark;Antson, Alfred A.
Lin28A是基因表达的转录后调控因子，与let-7家族mirna相互作用并负向调控其生物发生。最近的数据表明，Lin28A还结合了假定的肿瘤抑制因子miR-363， miR-363是106~363 mirna簇的成员。这种miRNA的亲和力和蛋白质- rna复合物的化学计量尚不清楚。人类Lin28与RNA相互作用的表征由于难以产生稳定的无RNA蛋白而变得复杂。我们设计了一种麦芽糖结合蛋白与Lin28融合，其结合let-7 miRNA的Kd值为54.1±4.2 nM，与先前小鼠同源物的数据一致。我们发现，人Lin28A与miR-363的结合具有1:1的化学计量，并且具有相似的亲和力（Kd = 16.6±1.9 nM）。进一步分析表明，Lin28A的n端冷激结构域与RNA的相互作用是盐依赖性的，支持冷激结构域允许蛋白质通过瞬时静电相互作用取样RNA底物的模型。
Lin28A is a post-transcriptional regulator of gene expression that interacts with and negatively regulates the biogenesis of let-7 family miRNAs. Recent data suggested that Lin28A also binds the putative tumor suppressor miR-363, a member of the 106~363 cluster of miRNAs. Affinity for this miRNA and the stoichiometry of the protein–RNA complex are unknown. Characterization of human Lin28’s interaction with RNA has been complicated by difficulties in producing stable RNA-free protein. We have engineered a maltose binding protein fusion with Lin28, which binds let-7 miRNA with a Kd of 54.1 ± 4.2 nM, in agreement with previous data on a murine homologue. We show that human Lin28A binds miR-363 with a 1:1 stoichiometry and with a similar, if not higher, affinity (Kd = 16.6 ± 1.9 nM). Further analysis suggests that the interaction of the N-terminal cold shock domain of Lin28A with RNA is salt-dependent, supporting a model in which the cold shock domain allows the protein to sample RNA substrates through transient electrostatic interactions.
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