Bedshift: perturbation of genomic interval sets.
Bedshift: perturbation of genomic interval sets.
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移床：基因组间隔集的扰动。
DOI：
10.1186/s13059-021-02440-w
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发表时间：
2021-08-20
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Sheffield NC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gu A;Cho HJ;Sheffield NC
功能基因组学实验（例如 ChIP-Seq 或 ATAC-Seq）产生的结果可汇总为区域集。没有办法客观地评估区域集相似性度量的有效性。我们推出了 Bedshift，这是一种通过从参考文件中随机移动、添加和删除区域来扰乱 BED 文件的工具。受到干扰的文件可用于对相似性指标进行基准测试，也可用于其他应用程序。我们强调指标之间行为的差异，例如 Jaccard 分数对添加或删除的区域最敏感，而覆盖分数对移动的区域最敏感。在线版本包含可在 (10.1186/s13059-021-02440-w) 获取的补充材料。
Functional genomics experiments, like ChIP-Seq or ATAC-Seq, produce results that are summarized as a region set. There is no way to objectively evaluate the effectiveness of region set similarity metrics. We present Bedshift, a tool for perturbing BED files by randomly shifting, adding, and dropping regions from a reference file. The perturbed files can be used to benchmark similarity metrics, as well as for other applications. We highlight differences in behavior between metrics, such as that the Jaccard score is most sensitive to added or dropped regions, while coverage score is most sensitive to shifted regions. The online version contains supplementary material available at (10.1186/s13059-021-02440-w).
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv612
发表时间：
2016-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Sheffield NC;Bock C
通讯作者：
Bock C
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv562
发表时间：
2016-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gel B;Díez-Villanueva A;Serra E;Buschbeck M;Peinado MA;Malinverni R
通讯作者：
Malinverni R
影响因子：
7
作者：
Cuddapah, Suresh;Jothi, Raja;Zhao, Keji
通讯作者：
Zhao, Keji
影响因子：
5.8
作者：
Ferre, Q.;Charbonnier, G.;Puthier, D.
通讯作者：
Puthier, D.
影响因子：
3.5
作者：
Sheffield NC;Furey TS
通讯作者：
Furey TS