The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis.
The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis.
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DOI：
10.1093/nar/gkn879
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tiedje JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cole JR;Wang Q;Cardenas E;Fish J;Chai B;Farris RJ;Kulam-Syed-Mohideen AS;McGarrell DM;Marsh T;Garrity GM;Tiedje JM
核糖体数据库项目（RDP）为研究人员提供了质量控制的细菌和古细菌小亚基rRNA比对和分析工具。改进的比对策略使用Infernal二级结构感知比对器来提供更一致的更高质量比对和更快的用户序列处理。大量新的分析功能包括新的焦磷酸测序管道，提供支持超高通量rRNA测序数据分析的工具。该管道提供了一系列工具，可自动化数据处理并简化大型测序文库的计算密集型分析。此外，一个新的Taxomatic可视化工具可以快速可视化分类学的不一致性，并提出更正建议，一个新的课堂作业生成器为教师提供课程计划和个性化的教学材料。有关RDP数据和分析函数的详细信息，请访问http://rdp.cme.msu.edu/。
The Ribosomal Database Project (RDP) provides researchers with quality-controlled bacterial and archaeal small subunit rRNA alignments and analysis tools. An improved alignment strategy uses the Infernal secondary structure aware aligner to provide a more consistent higher quality alignment and faster processing of user sequences. Substantial new analysis features include a new Pyrosequencing Pipeline that provides tools to support analysis of ultra high-throughput rRNA sequencing data. This pipeline offers a collection of tools that automate the data processing and simplify the computationally intensive analysis of large sequencing libraries. In addition, a new Taxomatic visualization tool allows rapid visualization of taxonomic inconsistencies and suggests corrections, and a new class Assignment Generator provides instructors with a lesson plan and individualized teaching materials. Details about RDP data and analytical functions can be found at http://rdp.cme.msu.edu/.
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高度平行的焦索测序者产生的16S rRNA序列的准确分类学分配。
影响因子：
14.9
作者：
Liu Z;DeSantis TZ;Andersen GL;Knight R
通讯作者：
Knight R
影响因子：
4.4
作者：
Ashelford, KE;Chuzhanova, NA;Weightman, AJ
通讯作者：
Weightman, AJ
影响因子：
11
作者：
Schloss, Patrick D.
通讯作者：
Schloss, Patrick D.
影响因子：
4.4
作者：
Ashelford, Kevin E.;Chuzhanova, Nadia A.;Weightman, Andrew J.
通讯作者：
Weightman, Andrew J.
DOI：
10.1099/ijs.0.63942-0
发表时间：
2006-02-01
影响因子：
2.8
作者：
An, DS;Im, WT;Lee, ST
通讯作者：
Lee, ST