Exonization of active mouse L1s: a driver of transcriptome evolution?
Exonization of active mouse L1s: a driver of transcriptome evolution?
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DOI：
10.1186/1471-2164-8-392
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发表时间：
2007-10-26
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Vingron M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zemojtel T;Penzkofer T;Schultz J;Dandekar T;Badge R;Vingron M
最近，长分布的核元件(LINE-1S，L1S)参与了哺乳动物转录本的调控。在这里，我们展示了三个激活的小鼠L1亚家族(A，GF和Tf)的成员，除了它们的正义链上的那些成员之外，在它们的反义链上还含有保守的功能剪接位点，这些剪接位点可以触发多个外化事件。考虑到内含子L1的强烈反义取向偏差，后者尤其耐人寻味，这意味着对反义插入的耐受会增加外显子的潜力。在全基因组分析中，我们发现的证据表明，大量具有逆转录转座能力的小鼠L1的流动性(NCBIm35中约2400个潜在的活性L1)通过不断产生转录单位的插入来塑造小鼠转录组。
Long interspersed nuclear elements (LINE-1s, L1s) have been recently implicated in the regulation of mammalian transcriptomes. Here, we show that members of the three active mouse L1 subfamilies (A, GF and TF) contain, in addition to those on their sense strands, conserved functional splice sites on their antisense strands, which trigger multiple exonization events. The latter is particularly intriguing in the light of the strong antisense orientation bias of intronic L1s, implying that the toleration of antisense insertions results in an increased potential for exonization. In a genome-wide analysis, we have uncovered evidence suggesting that the mobility of the large number of retrotransposition-competent mouse L1s (~2400 potentially active L1s in NCBIm35) has significant potential to shape the mouse transcriptome by continuously generating insertions into transcriptional units.
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影响因子：
4.5
作者：
Maeda N;Kasukawa T;Oyama R;Gough J;Frith M;Engström PG;Lenhard B;Aturaliya RN;Batalov S;Beisel KW;Bult CJ;Fletcher CF;Forrest AR;Furuno M;Hill D;Itoh M;Kanamori-Katayama M;Katayama S;Katoh M;Kawashima T;Quackenbush J;Ravasi T;Ring BZ;Shibata K;Sugiura K;Takenaka Y;Teasdale RD;Wells CA;Zhu Y;Kai C;Kawai J;Hume DA;Carninci P;Hayashizaki Y
通讯作者：
Hayashizaki Y
LINE-1 RNA剪接和对哺乳动物基因表达的影响。
影响因子：
14.9
作者：
Belancio, VP;Hedges, DJ;Deininger, P
通讯作者：
Deininger, P
DOI：
10.1073/pnas.0831042100
发表时间：
2003-04-29
影响因子：
11.1
作者：
Brouha, B;Schustak, J;Kazazian, HH
通讯作者：
Kazazian, HH
影响因子：
3.9
作者：
Hayashi, Y;Sakata, H;Yomo, T
通讯作者：
Yomo, T
影响因子：
2.3
作者：
Nguyen, TT;Hu, Y;Smith, JB
通讯作者：
Smith, JB