Solvent accessible surface area approximations for rapid and accurate protein structure prediction.
Solvent accessible surface area approximations for rapid and accurate protein structure prediction.
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DOI：
10.1007/s00894-009-0454-9
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发表时间：
2009-09
影响因子：
2.2
通讯作者：
Meiler, Jens
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Durham, Elizabeth;Dorr, Brent;Woetzel, Nils;Staritzbichler, Rene;Meiler, Jens
蛋白质核心中的疏水氨基酸埋藏是蛋白质折叠的驱动力。氨基酸与溶剂和蛋白质核心相互作用的程度自然与暴露在这些环境中的表面积成正比。然而，准确计算溶剂可及表面积(SASA)是衡量这种曝光量的几何指标，因为它不是成对可分解的，因此在数值上要求很高。此外，它依赖于分子的全原子表示。本文介绍了一系列增加计算复杂性和精度的四种SASA近似，以及基于这些SAASA近似的基于知识的环境自由能势。评估它们从错误折叠的蛋白质模型中正确区分的能力，以平衡蛋白质结构预测的速度和准确性。我们发现，新开发的“邻居向量”算法提供了准确而快速的曝光措施的最优平衡。
The burial of hydrophobic amino acids in the protein core is a driving force in protein folding. The extent to which an amino acid interacts with the solvent and the protein core is naturally proportional to the surface area exposed to these environments. However, an accurate calculation of the solvent-accessible surface area (SASA), a geometric measure of this exposure, is numerically demanding as it is not pair-wise decomposable. Furthermore, it depends on a full-atom representation of the molecule. This manuscript introduces a series of four SASA approximations of increasing computational complexity and accuracy as well as knowledge-based environment free energy potentials based on these SASA approximations. Their ability to distinguish correctly from incorrectly folded protein models is assessed to balance speed and accuracy for protein structure prediction. We find the newly developed “Neighbor Vector” algorithm provides the most optimal balance of accurate yet rapid exposure measures.
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影响因子：
5.6
作者：
Jiang, W;Baker, ML;Chiu, W
通讯作者：
Chiu, W
DOI：
10.1093/protein/9.8.637
发表时间：
1996-08-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
DeBolt, SE;Skolnick, J
通讯作者：
Skolnick, J
描述生物聚合物可接触溶剂表面的灵活三角测量法
影响因子：
3.5
作者：
Juffer, AH;Vogel, PJ
通讯作者：
Vogel, PJ
影响因子：
3.8
作者：
Audie, Joseph;Scarlata, Suzanne
通讯作者：
Scarlata, Suzanne
DOI：
10.1002/prot.340230412
发表时间：
1995-12-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
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--
作者：
Frishman, D;Argos, P
通讯作者：
Argos, P