PCSD: a plant chromatin state database.
PCSD: a plant chromatin state database.
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PCSD：植物染色质状态数据库
DOI：
10.1093/nar/gkx919
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Su Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu Y;Tian T;Zhang K;You Q;Yan H;Zhao N;Yi X;Xu W;Su Z
摘要染色质状态的全基因组图谱已经成为基因组注释和调节活性的有力代表。我们收集了公共和植物内部的表观基因组数据，并应用隐马尔可夫模型定义了拟南芥、水稻和玉米全基因组的染色质状态，其中包括290 553(36个染色质状态)、831 235(38个染色质状态)和3 936 844(26个染色质状态)片段。我们构建了一个植物染色质状态数据库(PCSD，http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates))，以整合有关染色质状态的详细信息，包括状态的特征和分布、状态中的片段以及相关基因和片段。这些不同染色质特征的自组织映射(SOM)结果和用于可视化的UCSC基因组浏览器也被整合到PCSD数据库中。我们进一步提供了用于染色质状态比较的两个表观遗传标记之间的差异SOM图谱和用于新数据分析的定制工具。可以搜索SOM图谱中的片段和相关基因，并分别用于Motif和Go分析。此外，多物种整合可用于在表观基因组水平上发现保守特征。总之，我们的PCSD数据库整合了已鉴定的染色质状态和表观遗传特征，可能有助于社区发现隐藏在植物染色质中的因果功能。
Abstract Genome-wide maps of chromatin states have become a powerful representation of genome annotation and regulatory activity. We collected public and in-house plant epigenomic data sets and applied a Hidden Markov Model to define chromatin states, which included 290 553 (36 chromatin states), 831 235 (38 chromatin states) and 3 936 844 (26 chromatin states) segments across the whole genome of Arabidopsis thaliana, Oryza sativa and Zea mays, respectively. We constructed a Plant Chromatin State Database (PCSD, http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates) to integrate detailed information about chromatin states, including the features and distribution of states, segments in states and related genes with segments. The self-organization mapping (SOM) results for these different chromatin signatures and UCSC Genome Browser for visualization were also integrated into the PCSD database. We further provided differential SOM maps between two epigenetic marks for chromatin state comparison and custom tools for new data analysis. The segments and related genes in SOM maps can be searched and used for motif and GO analysis, respectively. In addition, multi-species integration can be used to discover conserved features at the epigenomic level. In summary, our PCSD database integrated the identified chromatin states with epigenetic features and may be beneficial for communities to discover causal functions hidden in plant chromatin.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
14.9
作者：
Kodama Y;Shumway M;Leinonen R;International Nucleotide Sequence Database Collaboration
通讯作者：
International Nucleotide Sequence Database Collaboration
DOI：
10.1073/pnas.1316278111
发表时间：
2014-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Franco-Zorrilla, Jose M.;Lopez-Vidriero, Irene;Solano, Roberto
通讯作者：
Solano, Roberto
影响因子：
11.6
作者：
He, Guangming;Zhu, Xiaopeng;Deng, Xing-Wang
通讯作者：
Deng, Xing-Wang