The HIVToolbox 2 web system integrates sequence, structure, function and mutation analysis.
The HIVToolbox 2 web system integrates sequence, structure, function and mutation analysis.
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HivToolbox 2 Web系统集成了序列，结构，功能和突变分析。
DOI：
10.1371/journal.pone.0098810
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Schiller MR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sargeant DP;Deverasetty S;Strong CL;Alaniz IJ;Bartlett A;Brandon NR;Brooks SB;Brown FA;Bufi F;Chakarova M;David RP;Dobritch KM;Guerra HP;Hedden MW;Kumra R;Levitt KS;Mathew KR;Matti R;Maza DQ;Mistry S;Novakovic N;Pomerantz A;Portillo J;Rafalski TF;Rathnayake VR;Rezapour N;Songao S;Tuggle SL;Yousif S;Dorsky DI;Schiller MR
人们对研究 HIV 发病机制以改善 HIV 感染患者的治疗产生了巨大的兴趣。 HIV 感染已成为了解病毒如何劫持细胞的最佳研究系统之一。为了帮助促进发现，我们之前构建了 HIVToolbox，一个用于可视化数据挖掘的 Web 系统。最初的 HIVToolbox 集成了 HIV 蛋白序列、结构、功能位点和序列保存的信息。该网络系统已用于近 40,000 次搜索。我们报告了 HIVToolbox 的改进，包括新功能和工作流程、数据更新以及易用性更新。 HIVToolbox2是对HIVToolbox的改进，增加了新功能。 HIVToolbox2 具有专注于 HIV 发病机制的新功能，包括药物结合位点、耐药突变和免疫表位。集成的交互式视图使视觉挖掘能够生成其他方法不易揭示的假设。大多数HIV蛋白形成多聚体，并且在许多这些多聚化界面处存在翻译后修饰和蛋白质-蛋白质相互作用位点。蛋白酶药物结合位点的分析揭示了耐药性的解剖结构，不同类型的耐药突变局部位于蛋白酶表面。其中一些耐药突变在特定的 HIV-1M 亚型中发病率很高。最后，Tat 功能位点的整合揭示了一个热点区域，其中似乎存在 30 种相互作用或翻译后修饰。使用 HIVToolbox2 进行的粗略分析有助于确定 HIV 蛋白的几种全局模式。使用该工具进行的初步分析确定了几乎所有 HIV 蛋白的同多聚化、与多聚化位点重叠的功能位点、HIV 蛋白酶的整体耐药性解剖结构以及某些 DRM 在特定 HIV M 亚型中的特定分布。 HIVToolbox2 是一个开放访问的 Web 应用程序，可在 [http://hivtoolbox2.bio-toolkit.com] 上获取。
There is enormous interest in studying HIV pathogenesis for improving the treatment of patients with HIV infection. HIV infection has become one of the best-studied systems for understanding how a virus can hijack a cell. To help facilitate discovery, we previously built HIVToolbox, a web system for visual data mining. The original HIVToolbox integrated information for HIV protein sequence, structure, functional sites, and sequence conservation. This web system has been used for almost 40,000 searches. We report improvements to HIVToolbox including new functions and workflows, data updates, and updates for ease of use. HIVToolbox2, is an improvement over HIVToolbox with new functions. HIVToolbox2 has new functionalities focused on HIV pathogenesis including drug-binding sites, drug-resistance mutations, and immune epitopes. The integrated, interactive view enables visual mining to generate hypotheses that are not readily revealed by other approaches. Most HIV proteins form multimers, and there are posttranslational modification and protein-protein interaction sites at many of these multimerization interfaces. Analysis of protease drug binding sites reveals an anatomy of drug resistance with different types of drug-resistance mutations regionally localized on the surface of protease. Some of these drug-resistance mutations have a high prevalence in specific HIV-1 M subtypes. Finally, consolidation of Tat functional sites reveals a hotspot region where there appear to be 30 interactions or posttranslational modifications. A cursory analysis with HIVToolbox2 has helped to identify several global patterns for HIV proteins. An initial analysis with this tool identifies homomultimerization of almost all HIV proteins, functional sites that overlap with multimerization sites, a global drug resistance anatomy for HIV protease, and specific distributions of some DRMs in specific HIV M subtypes. HIVToolbox2 is an open-access web application available at [http://hivtoolbox2.bio-toolkit.com].
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影响因子：
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作者：
He JJ;Henao-Mejia J;Liu Y
通讯作者：
Liu Y
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作者：
Descamps, Diane;Lambert-Niclot, Sidonie;Brun-Vezinet, Francoise
通讯作者：
Brun-Vezinet, Francoise
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作者：
FRANKEL, AD;BREDT, DS;PABO, CO
通讯作者：
PABO, CO
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作者：
Colonno, RJ;Thiry, A;Parkin, N
通讯作者：
Parkin, N
DOI：
10.1073/pnas.85.17.6297
发表时间：
1988-09-01
影响因子：
11.1
作者：
FRANKEL, AD;CHEN, L;PABO, CO
通讯作者：
PABO, CO