Selection of primers for optimal taxonomic classification of environmental 16S rRNA gene sequences.
Selection of primers for optimal taxonomic classification of environmental 16S rRNA gene sequences.
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DOI：
10.1038/ismej.2011.208
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发表时间：
2012-07
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
微生物群落分析使用16S rRNA基因序列需要准确的分类分配。“通用”引物瞄准保守序列并扩增来自许多分类群的序列，但它们在不同的环境中提供不同的覆盖范围，并且rRNA基因的区域在分类信息上存在差异-特别是当使用高通量短读测序技术（例如，454和Illumina）时。我们介绍了一个新的评估程序，提供了一个改进的措施，期望分类精度时，从一个给定的引物分类环境序列读取。将这种方法应用于数千种引物和读段长度的组合，模拟单端和对端测序，发现这些选择极大地影响了分类信息性。信息量最大的序列区域可能因环境而异，部分原因是参考数据库中不同环境的覆盖范围不同。使用我们的Rtax方法对对端reads进行分类，我们发现对端测序在包括人类肠道在内的某些环境中提供了实质性的好处，但在其他环境中则不然。对于长度为96 nt的短序列，最佳引物选择提供了82-100%的可靠属分类。
Microbial community profiling using 16S rRNA gene sequences requires accurate taxonomy assignments. ‘Universal' primers target conserved sequences and amplify sequences from many taxa, but they provide variable coverage of different environments, and regions of the rRNA gene differ in taxonomic informativeness—especially when high-throughput short-read sequencing technologies (for example, 454 and Illumina) are used. We introduce a new evaluation procedure that provides an improved measure of expected taxonomic precision when classifying environmental sequence reads from a given primer. Applying this measure to thousands of combinations of primers and read lengths, simulating single-ended and paired-end sequencing, reveals that these choices greatly affect taxonomic informativeness. The most informative sequence region may differ by environment, partly due to variable coverage of different environments in reference databases. Using our Rtax method of classifying paired-end reads, we found that paired-end sequencing provides substantial benefit in some environments including human gut, but not in others. Optimal primer choice for short reads totaling 96 nt provides 82–100% of the confident genus classifications available from longer reads.
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影响因子：
11
作者：
Degnan, Patrick H.;Ochman, Howard
通讯作者：
Ochman, Howard
影响因子：
3.7
作者：
Wu, Dongying;Hartman, Amber;Eisen, Jonathan A.
通讯作者：
Eisen, Jonathan A.
影响因子：
14.9
作者：
Claesson MJ;Wang Q;O'Sullivan O;Greene-Diniz R;Cole JR;Ross RP;O'Toole PW
通讯作者：
O'Toole PW
DOI：
10.1073/pnas.1000080107
发表时间：
2011-03-15
影响因子：
11.1
作者：
Caporaso, J. Gregory;Lauber, Christian L.;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob
影响因子：
4.2
作者：
Sundquist, Andreas;Bigdeli, Saharnaz;Ronaghi, Mostafa
通讯作者：
Ronaghi, Mostafa