PPO: Predictor for Prokaryotic Operons
PPO: Predictor for Prokaryotic Operons
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq601
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发表时间：
2010-12-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Yang, Cheng-Hong
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Chuang, Li-Yeh;Tsai, Jui-Hung;Yang, Cheng-Hong
我们提出了原核操纵子（PPO）的操纵子预测器，它可以预测整个原核基因组中的操纵子。 PPO中使用的预测算法允许用户选择二元粒子群优化（BPSO）、遗传算法（GA）或文献中引入的其他一些方法来预测操纵子。我们网络服务器上的操纵子预测器和提供的数据库易于访问和使用。提供的主要功能是：（i）预测算法的选择； (ii)预测算法的可调参数设置； (iii) 结果的图形可视化； (iv) 综合数据库查询； (v) 经实验验证的操纵子列表； (vi) 相关工具。
We present an operon predictor for prokaryotic operons ( PPO), which can predict operons in the entire prokaryotic genome. The prediction algorithm used in PPO allows the user to select binary particle swarm optimization ( BPSO), a genetic algorithm ( GA) or some other methods introduced in the literature to predict operons. The operon predictor on our web server and the provided database are easy to access and use. The main features offered are: ( i) selection of the prediction algorithm; ( ii) adjustable parameter settings of the prediction algorithm; ( iii) graphic visualization of results; ( iv) integrated database queries; ( v) listing of experimentally verified operons; and ( vi) related tools.