SPPS: a sequence-based method for predicting probability of protein-protein interaction partners.
SPPS: a sequence-based method for predicting probability of protein-protein interaction partners.
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SPPS：一种基于序列的方法，用于预测蛋白质-蛋白质相互作用伙伴的概率。
DOI：
10.1371/journal.pone.0030938
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Zhang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu X;Liu B;Huang Z;Shi T;Chen Y;Zhang J
由蛋白质之间不同类型的相互作用维持的分子网络被广泛地表现为细胞操作的基本驱动力。许多生物学功能是由蛋白质之间的串扰决定的，而不是由其单个组分的特征决定的。因此，在试图解决生物学原理时，在全球网络中寻找蛋白质伙伴是必要的。我们已经开发了一个基于网络的工具“基于序列的蛋白质伴侣搜索”（SPPS），以探索蛋白质的相互作用的合作伙伴，通过搜索在许多物种的蛋白质的大型剧目。SPPS提供了一个包含60，000多个带注释的蛋白质序列的数据库和两种模式（单查询和多查询）的蛋白质伴侣搜索引擎。在研究中使用该服务发现了人类FBXO6蛋白的两个相互作用蛋白。此外，用户可以通过使用SPPS网络服务器中的注释和可能的交互式网络来细化潜在的蛋白质伴侣命中。SPPS提供了一种新型的工具，以促进直接或间接的蛋白质伴侣的鉴定，这可能会指导科学家对新的信号通路的研究。SPPS服务器可在http://mdl.shsmu.edu.cn/SPPS/上向公众提供。
The molecular network sustained by different types of interactions among proteins is widely manifested as the fundamental driving force of cellular operations. Many biological functions are determined by the crosstalk between proteins rather than by the characteristics of their individual components. Thus, the searches for protein partners in global networks are imperative when attempting to address the principles of biology. We have developed a web-based tool “Sequence-based Protein Partners Search” (SPPS) to explore interacting partners of proteins, by searching over a large repertoire of proteins across many species. SPPS provides a database containing more than 60,000 protein sequences with annotations and a protein-partner search engine in two modes (Single Query and Multiple Query). Two interacting proteins of human FBXO6 protein have been found using the service in the study. In addition, users can refine potential protein partner hits by using annotations and possible interactive network in the SPPS web server. SPPS provides a new type of tool to facilitate the identification of direct or indirect protein partners which may guide scientists on the investigation of new signaling pathways. The SPPS server is available to the public at http://mdl.shsmu.edu.cn/SPPS/.
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DOI：
10.1073/pnas.0508647102
发表时间：
2005-11-29
影响因子：
11.1
作者：
Hwang, D;Rust, AG;Bolouri, H
通讯作者：
Bolouri, H
影响因子：
3.5
作者：
Beckouet, Frederic;Mariotte-Labarre, Sylvie;Thuriaux, Pierre
通讯作者：
Thuriaux, Pierre
使用重新出现的多肽序列的蛋白质 - 蛋白质相互作用和新基序发现的结合位点预测。
影响因子：
3
作者：
Amos-Binks A;Patulea C;Pitre S;Schoenrock A;Gui Y;Green JR;Golshani A;Dehne F
通讯作者：
Dehne F
影响因子：
5.8
作者：
Chen, Jin;Hsu, Wynne;Ng, See-Kiong
通讯作者：
Ng, See-Kiong
影响因子：
4.8
作者：
Lee, Ho-Jin;Finkelstein, David;Zheng, Jie J.
通讯作者：
Zheng, Jie J.