Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND
Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND
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DOI：
10.1038/nmeth.3176
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发表时间：
2015-01-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Huson, Daniel H.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Buchfink, Benjamin;Xie, Chao;Huson, Daniel H.
在宏基因组学和数据密集型进化项目中，测序读数与蛋白质参考数据库的比对是一个主要的计算瓶颈。尽管最近的工具提供了比黄金标准BLASTX更好的性能，但它们只表现出适度的加速或低灵敏度。我们介绍了DIAMOND，这是一种基于双索引的开源算法，在短读取上比BLASTX快20,000倍，并且具有相似的灵敏度。
The alignment of sequencing reads against a protein reference database is a major computational bottleneck in metagenomics and data-intensive evolutionary projects. Although recent tools offer improved performance over the gold standard BLASTX, they exhibit only a modest speedup or low sensitivity. We introduce DIAMOND, an open-source algorithm based on double indexing that is 20,000 times faster than BLASTX on short reads and has a similar degree of sensitivity.