Systematic proteome and proteostasis profiling in human Trisomy 21 fibroblast cells.
Systematic proteome and proteostasis profiling in human Trisomy 21 fibroblast cells.
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DOI：
10.1038/s41467-017-01422-6
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发表时间：
2017-10-31
影响因子：
16.6
通讯作者：
Aebersold R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu Y;Borel C;Li L;Müller T;Williams EG;Germain PL;Buljan M;Sajic T;Boersema PJ;Shao W;Faini M;Testa G;Beyer A;Antonarakis SE;Aebersold R
唐氏综合征（DS）主要是由整个21号染色体的三体（Trisomy 21，T21）引起的。在这里，我们使用SWATH质谱定量蛋白质丰度和蛋白质营业额在成纤维细胞从一个单卵双胞胎对T21不一致，并在11个无关的DS个人和匹配的对照蛋白质表达谱。稳态和营业额蛋白质组学数据的整合表明，蛋白质的化学计量复合物的成员的特异性降解是T21基因剂量结果的主要决定因素，无论是在个人内部和之间。从基因组学和转录组学数据来看，这种效应并不明显。数据还显示，T21导致广泛的蛋白质组重塑，影响所有染色体编码的蛋白质。最后，我们发现广泛的，细胞器特异性的转录后效应，如线粒体蛋白质组的显著下调有助于T21标志。总的来说，我们提供了一个有价值的蛋白质组学资源，了解DS表型表现的起源。21三体（T21）是唐氏综合征的主要原因，但对其对细胞蛋白质组的影响知之甚少。在这里，作者定义了T21成纤维细胞的蛋白质组及其周转率，并绘制了单卵T21不一致双胞胎的蛋白质组差异，揭示了T21引起的广泛的细胞器特异性变化。
Down syndrome (DS) is mostly caused by a trisomy of the entire Chromosome 21 (Trisomy 21, T21). Here, we use SWATH mass spectrometry to quantify protein abundance and protein turnover in fibroblasts from a monozygotic twin pair discordant for T21, and to profile protein expression in 11 unrelated DS individuals and matched controls. The integration of the steady-state and turnover proteomic data indicates that protein-specific degradation of members of stoichiometric complexes is a major determinant of T21 gene dosage outcome, both within and between individuals. This effect is not apparent from genomic and transcriptomic data. The data also reveal that T21 results in extensive proteome remodeling, affecting proteins encoded by all chromosomes. Finally, we find broad, organelle-specific post-transcriptional effects such as significant downregulation of the mitochondrial proteome contributing to T21 hallmarks. Overall, we provide a valuable proteomic resource to understand the origin of DS phenotypic manifestations. Trisomy 21 (T21) is a major cause of Down syndrome but little is known about its impact on the cellular proteome. Here, the authors define the proteome of T21 fibroblasts and its turnover and also map proteomic differences in monozygotic T21-discordant twins, revealing extensive, organelle-specific changes caused by T21.
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DOI：
10.1126/science.1260793
发表时间：
2015-02-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Battle A;Khan Z;Wang SH;Mitrano A;Ford MJ;Pritchard JK;Gilad Y
通讯作者：
Gilad Y
影响因子：
4.4
作者：
Conti, Anna;Fabbrini, Floriana;Nitsch, Lucio
通讯作者：
Nitsch, Lucio
影响因子：
7.7
作者：
Hose J;Yong CM;Sardi M;Wang Z;Newton MA;Gasch AP
通讯作者：
Gasch AP
影响因子：
6
作者：
Cataldo, Anne M.;Mathews, Paul M.;Nixon, Ralph A.
通讯作者：
Nixon, Ralph A.
影响因子：
3.8
作者：
Cho CK;Drabovich AP;Karagiannis GS;Martínez-Morillo E;Dason S;Dimitromanolakis A;Diamandis EP
通讯作者：
Diamandis EP