十字花科黑腐病菌非编码RNA SR220与RsmA的相互作用关系及SR220剪切位点的初步鉴定
十字花科黑腐病菌非编码RNA SR220与RsmA的相互作用关系及SR220剪切位点的初步鉴定
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DOI：
10.13417/j.gab.041.001487
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
唐东阶
中科院分区：
文献类型：
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作者：
冯向召;唐纪良;唐东阶
次生代谢抑制(Repression of secondary metabolism,Rsm)调控系统是一个由RNA结合蛋白RsmA以及非编码RNA组成的广泛存在于细菌中的全局转录后调控系统。RsmA蛋白是Rsm调控系统的核心,它通过与靶标mRNA结合来控制基因表达;而非编码RNA的作用是抑制RsmA蛋白的调控活性。研究表明,在一些细菌中,RsmA可以通过复杂的调控网络在转录水平正向调控这些抑制它的非编码RNA的表达。本实验室前期研究发现,在十字花科黑腐病菌(Xanthomonas campestris pv.campestris,Xcc)中,SR220是抑制RsmA活性的非编码RNA,但RsmA是否调控SR220的表达目前还不清楚。本研究使用Northern杂交技术检测和比较了野生型菌株和rsmA缺失突变体中SR220的表达水平。结果发现,尽管在野生型菌株中SR220正常表达,但在rsmA缺失突变体中却检测不到SR220的信号,证明SR220的产生需要RsmA。更重要的是,进一步的实验发现,SR220的产生需要其与RsmA直接结合,说明RsmA是在转录后水平,而不是像其他细菌在转录水平调控抑制其非编码RNA(SR220)的合成。本实验室之前已经证明,SR220是由XC1332 mRNA 3'非翻译区剪切加工而来。本研究经鉴定发现,在XC1332的终止密码子TAA到SR220的第一个核苷酸之间的25 bp间隔区存在1个关键的剪切位点。