Efficient design and assembly of custom TALEN and other TAL effector-based constructs for DNA targeting.
Efficient design and assembly of custom TALEN and other TAL effector-based constructs for DNA targeting.
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高效设计和组装定制 TALEN 和其他基于 TAL 效应器的 DNA 靶向构建体
DOI：
10.1093/nar/gkr218
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Voytas DF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cermak T;Doyle EL;Christian M;Wang L;Zhang Y;Schmidt C;Baller JA;Somia NV;Bogdanove AJ;Voytas DF
TALENs是基因组工程的重要新工具。植物致病性黄单胞菌（Xanthomonas spp.）转录激活因子样（TAL）效应物与FokI核酸酶、TALENs结合并成对切割DNA。结合特异性是由TAL效应物中可定制的多态氨基酸重复序列确定的。我们提出了一种方法和试剂，用于有效地组装自定义重复阵列的TALEN结构。我们还描述了基于自然发生的TAL效应物及其结合位点的设计指南。使用应用这些指导原则的软件，我们在来自植物、动物和原生生物的9个基因中，平均每35bp找到一个候选切割位点。从这组中选择的15个位点中的每一个都在酵母为基础的实验中被切割，用我们的试剂构建TALEN对。我们利用其中的两对TALEN突变了人类细胞中的HPRT1和拟南芥原生质体中的ADH1。我们的试剂包括用于定制TAL效应物的质粒结构和用于TAL效应物与其他感兴趣的蛋白质融合的质粒结构。利用前者，我们重新构建了加德纳黄单胞菌AvrHah1的功能类似物。完整的质粒集可通过非营利性存储库AddGene获得，我们的软件的网络版本可在线免费访问。
TALENs are important new tools for genome engineering. Fusions of transcription activator-like (TAL) effectors of plant pathogenic Xanthomonas spp. to the FokI nuclease, TALENs bind and cleave DNA in pairs. Binding specificity is determined by customizable arrays of polymorphic amino acid repeats in the TAL effectors. We present a method and reagents for efficiently assembling TALEN constructs with custom repeat arrays. We also describe design guidelines based on naturally occurring TAL effectors and their binding sites. Using software that applies these guidelines, in nine genes from plants, animals and protists, we found candidate cleavage sites on average every 35 bp. Each of 15 sites selected from this set was cleaved in a yeast-based assay with TALEN pairs constructed with our reagents. We used two of the TALEN pairs to mutate HPRT1 in human cells and ADH1 in Arabidopsis thaliana protoplasts. Our reagents include a plasmid construct for making custom TAL effectors and one for TAL effector fusions to additional proteins of interest. Using the former, we constructed de novo a functional analog of AvrHah1 of Xanthomonas gardneri. The complete plasmid set is available through the non-profit repository AddGene and a web-based version of our software is freely accessible online.
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影响因子：
3.7
作者：
Engler, Carola;Kandzia, Romy;Marillonnet, Sylvestre
通讯作者：
Marillonnet, Sylvestre
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Li T;Huang S;Jiang WZ;Wright D;Spalding MH;Weeks DP;Yang B
通讯作者：
Yang B
DOI：
10.1073/pnas.1019533108
发表时间：
2011-02-08
影响因子：
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作者：
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通讯作者：
Zhu, Jian-Kang
DOI：
10.1073/pnas.1013133107
发表时间：
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影响因子：
11.1
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Morbitzer, Robert;Roemer, Patrick;Lahaye, Thomas
通讯作者：
Lahaye, Thomas