TagDust--a program to eliminate artifacts from next generation sequencing data.
TagDust--a program to eliminate artifacts from next generation sequencing data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp527
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发表时间：
2009-11-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Daub CO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lassmann T;Hayashizaki Y;Daub CO
动机：下一代平行测序技术产生大量的短序列读数。由于实验程序，各种类型的人工产物通常与靶RNA或DNA序列一起测序。在开发新的测序测定法期间以及对于测序文库的下游分析，鉴定这样的人工产物是重要的。结果：在这里，我们提出了TagDust，一个程序识别在大型测序运行的伪序列。给定用户定义的错误发现率的截止值，TagDust识别出所有可通过与文库制备期间使用的已知序列的组合和部分匹配来解释的读段。我们在Illumina的基因组分析仪平台上进行的测序运行中证明了我们方法的质量。可用性：可执行文件和文档可从http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/获得。联系方式：timolassmann@gmail.com
Motivation: Next-generation parallel sequencing technologies produce large quantities of short sequence reads. Due to experimental procedures various types of artifacts are commonly sequenced alongside the targeted RNA or DNA sequences. Identification of such artifacts is important during the development of novel sequencing assays and for the downstream analysis of the sequenced libraries. Results: Here we present TagDust, a program identifying artifactual sequences in large sequencing runs. Given a user-defined cutoff for the false discovery rate, TagDust identifies all reads explainable by combinations and partial matches to known sequences used during library preparation. We demonstrate the quality of our method on sequencing runs performed on Illumina's Genome Analyzer platform. Availability: Executables and documentation are available from http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/. Contact: timolassmann@gmail.com
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影响因子：
14.9
作者：
Lassmann T;Frings O;Sonnhammer EL
通讯作者：
Sonnhammer EL
影响因子：
5.8
作者：
White, James Robert;Roberts, Michael;Pop, Mihai
通讯作者：
Pop, Mihai
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
4.3
作者：
Zhang ZD;Rozowsky J;Snyder M;Chang J;Gerstein M
通讯作者：
Gerstein M