基于二代测序的不同分化阶段晶状体转录组分析
基于二代测序的不同分化阶段晶状体转录组分析
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DOI：
10.3760/cma.j.cn112142-20200222-00095
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
傅秋黎
中科院分区：
文献类型：
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作者：
张丽芳;秦祯蔚;卢冰;吕丹旎;李嘉永;闫晨曦;宋帆;唐俏梅;尹厚发;傅秋黎
目的了解分化中晶状体的转录谱,包括mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)。方法实验研究。提取人源性分化晶状体RNA并纯化。然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序,并使用生物信息学工具进行分析,筛选出最高表达和差异表达的mRNA和IncRNA;用维恩图分析3个时期晶状体的重叠基因表达情况;分析晶状体特异性基因的表达趋势,并用实时荧光定量PCR验证。结果在16、23、25周晶状体中分别获得67 518 311、99 440 160和67 262 320条映射序列。基因重叠表达分析显示,前1 000个高表达mRNA、前300个高表达IncRNA和前100个高表达circRNA中分别有740、170、69个在16、23、25周晶状体中同时表达。晶状体特异性基因表达分析显示,晶状体蛋白(CRY)AA、CRYGA、CRYGB、CRYGC、CRYGD、CRYGEP和CRYGS基因表达随晶状体分化时间上调,缝隙连接(GJ)蛋白GJA3和GJA8基因表达随晶状体分化时间下调。结论晶状体转录组表达谱显示不同分化阶段晶状体的高表达mRNA、lncRNA和circRNA中重叠表达者占半数以上,且均高表达晶状体特异性蛋白基因,如CRY、GJ蛋白基因等。