A Galaxy Workflow for the Functional Annotation of Metagenomic Samples
A Galaxy Workflow for the Functional Annotation of Metagenomic Samples
复制标题
用于宏基因组样本功能注释的 Galaxy 工作流程
DOI：
10.1007/978-3-642-30448-4_31
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
A. Chatziioannou
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eleftherios Pilalis;Eythymios Ladoukakis;F. Kolisis;A. Chatziioannou
在这项工作中，注释工作流程的开发，执行一系列的注释任务，从宏基因组样本的序列，使用标准的生物信息学工具和Perl脚本。Perl脚本与Mysql数据库交互，以便将所有注释结果存储到相应的表中，从而轻松快速访问和查询所有数据。整个管道集成到Galaxy服务器中，该服务器提供了一个简单直观的界面，允许用户轻松创建，运行和共享大型数据集的工作流程。
In this work, an annotation workflow was developed, which performs a series of annotation tasks to sequences originating from metagenomic samples, using standard bioinformatics tools and Perl scripts. The Perl scripts interact with a Mysql database in order to store all annotation results to the respective tables, thus rendering easy the quick access and querying to all data. The whole pipeline was integrated into a Galaxy server, which provides a simple and intuitive interface that allows the user to easily create, run and share workflows for large datasets.
影响因子：
7
作者：
Giardine, B;Riemer, C;Nekrutenko, A
通讯作者：
Nekrutenko, A