Comprehensive identification and analyses of the Hsf gene family in the whole-genome of three Apiaceae species
Comprehensive identification and analyses of the Hsf gene family in the whole-genome of three Apiaceae species
复制标题
伞形科三种植物全基因组Hsf基因家族的综合鉴定与分析
DOI：
10.1016/j.hpj.2020.08.005
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发表时间：
2020-08
影响因子：
5.7
通讯作者：
Song Xiaoming
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pei Qiaoying;Yu Tong;Wu Tong;Yang Qihang;Gong Ke;Zhou Rong;Cui Chunlin;Yu Ying;Zhao Wei;Kang Xi;Cao Rui;Song Xiaoming
杏科(Apiaceae)是蜂目(Apiales)的一个大科，包括许多重要的蔬菜和药用作物。热休克转录因子(HSF)在植物发育过程中的耐热性中起着重要作用。在此，我们对菊科植物中的Hsf基因家族进行了系统的分析，其中包括17种芹菜、32种香菜和14种胡萝卜。在拟南芥、葡萄和生菜等3个代表性物种中共鉴定出73个Hsf基因。全基因组复制对Hsf基因家族在松柏科植物中的扩展起着重要作用。有趣的是，我们发现香菜比芹菜和胡萝卜含有更多的Hsfgene，这是因为它有更大的膨胀和更少的损失。系统发育树的27个分支在这些菊科植物中经历了相当大的正向选择。我们还研究了Hsf基因在三个植物器官中的表达模式。总之，这项研究将为探索耐热性的分子机制提供丰富的基因资源。此外，这也是首次报道杏科植物中Hsf基因家族的研究，因此，我们的研究将为今后对杏科植物Hsf基因家族和其他基因家族的比较和功能基因组研究提供指导。
Apiaceae is a major family from Apiales and includes many important vegetable and medicinal crops. Heat shock transcription factors (Hsf) play important roles in heat tolerance during plant development. Here, we conducted systematic analyses of theHsfgene family in three Apiaceae species, including 17Apium graveolens(celery), 32Coriandrum sativum(coriander), and 14Daucus carota(carrot). A total of 73Hsfgenes were identified in three representative species, includingArabidopsis thaliana, Vitis vinifera, andLactuca sativa. Whole-genome duplication played important roles in theHsfgene family's expansion within Apiaceae. Interestingly, we found that coriander had moreHsfgenes than celery and carrot due to greater expansion and fewer losses. Twenty-seven branches of the phylogenetic tree underwent considerable positive selection in these Apiaceae species. We also explored the expression patterns ofHsfgenes in three plant organs. Collectively, this study will serve as a rich gene resource for exploring the molecular mechanisms of heat tolerance. Additionally, this is the first study to report on theHsfgene family in Apiaceae; thus, our research will provide guidance for future comparative and functional genomic studies on theHsfgene family and others in Apiaceae.
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影响因子：
2.7
作者：
X. Wan;Jie Yang;Cong Guo;M. Bao;Junwei Zhang
通讯作者：
X. Wan;Jie Yang;Cong Guo;M. Bao;Junwei Zhang
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts386
发表时间：
2012-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Stolzer M;Lai H;Xu M;Sathaye D;Vernot B;Durand D
通讯作者：
Durand D
影响因子：
4.4
作者：
Min Zhou;Shigang Zheng;Rong Liu;Jing Lu;Lu Lu-Lu;Chihong Zhang;Zehou Liu;C. Luo;Lei Zhang
通讯作者：
Min Zhou;Shigang Zheng;Rong Liu;Jing Lu;Lu Lu-Lu;Chihong Zhang;Zehou Liu;C. Luo;Lei Zhang
影响因子：
5.7
作者：
Jian‐Yong Qi;Simin Sun;Lin Yang;Mingjun Li;F. Ma;Y. Zou
通讯作者：
Jian‐Yong Qi;Simin Sun;Lin Yang;Mingjun Li;F. Ma;Y. Zou
影响因子：
64.8
作者：
Jaillon, Olivier;Aury, Jean-Marc;Wincker, Patrick
通讯作者：
Wincker, Patrick