pypet: A Python Toolkit for Data Management of Parameter Explorations
pypet: A Python Toolkit for Data Management of Parameter Explorations
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DOI：
10.3389/fninf.2016.00038
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发表时间：
2016-08-25
影响因子：
3.5
通讯作者：
Obermayer, Klaus
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meyer, Robert;Obermayer, Klaus
pypet（Python参数探索工具包）是一个新的多平台Python工具包，用于管理数值模拟。对模型参数空间进行采样是模拟和数值实验的一个关键方面。 pypet 的设计目的是允许通过参数空间轻松、任意地对轨迹进行采样，而不仅仅是简单的网格搜索。 pypet 收集模拟参数和结果并将其存储在单个 HDF5 文件中。这种集体存储可以快速方便地加载数据以进行进一步分析。 pypet 提供各种附加功能，例如模拟的多处理和并行化、数据的动态加载、git 版本控制的集成以及通过电子实验室笔记本 Sumatra 进行实验监督。 pypet 支持丰富的数据格式，包括原生 Python 类型、Numpy 和 Scipy 数据、Pandas DataFrames 和 BRIAN(2) 数量。除了这些格式之外，用户还可以轻松扩展工具包以允许自定义数据类型。 pypet 是一个灵活的工具，适用于简短的 Python 脚本和大型项目。 pypet 的各种功能，尤其是参数和结果之间的紧密联系，促进了计算神经科学和基于模拟的学科的可重复研究。
pypet (Python parameter exploration toolkit) is a new multi-platform Python toolkit for managing numerical simulations. Sampling the space of model parameters is a key aspect of simulations and numerical experiments. pypet is designed to allow easy and arbitrary sampling of trajectories through a parameter space beyond simple grid searches. pypet collects and stores both simulation parameters and results in a single HDF5 file. This collective storage allows fast and convenient loading of data for further analyses. pypet provides various additional features such as multiprocessing and parallelization of simulations, dynamic loading of data, integration of git version control, and supervision of experiments via the electronic lab notebook Sumatra. pypet supports a rich set of data formats, including native Python types, Numpy and Scipy data, Pandas DataFrames, and BRIAN(2) quantities. Besides these formats, users can easily extend the toolkit to allow customized data types. pypet is a flexible tool suited for both short Python scripts and large scale projects. pypet's various features, especially the tight link between parameters and results, promote reproducible research in computational neuroscience and simulation-based disciplines.