Multispecies coalescent and its applications to infer species phylogenies and cross-species gene flow.
Multispecies coalescent and its applications to infer species phylogenies and cross-species gene flow.
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DOI：
10.1093/nsr/nwab127
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发表时间：
2021-12
影响因子：
20.6
通讯作者：
Yang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiao X;Flouri T;Yang Z
多物种合并(MSC)是单种群合并模型向多物种合并的扩展。它集成了物种分化的系统发育过程和种群合并的遗传过程，并利用来自多个物种的基因组序列数据为一系列推理问题提供了一个强大的框架，包括估计物种分化时间和种群大小，估计适应不一致基因树的物种树，推断跨物种基因流动和物种划分。在本文中，我们介绍了MSC模型的主要特点，讨论了树种估计的全似然方法和启发式方法，并总结了跨物种基因流动推断的方法学进展。我们讨论了该领域的统计和计算挑战，以及未来几年可能取得突破的研究方向。
Multispecies coalescent (MSC) is the extension of the single-population coalescent model to multiple species. It integrates the phylogenetic process of species divergences and the population genetic process of coalescent, and provides a powerful framework for a number of inference problems using genomic sequence data from multiple species, including estimation of species divergence times and population sizes, estimation of species trees accommodating discordant gene trees, inference of cross-species gene flow and species delimitation. In this review, we introduce the major features of the MSC model, discuss full-likelihood and heuristic methods of species tree estimation and summarize recent methodological advances in inference of cross-species gene flow. We discuss the statistical and computational challenges in the field and research directions where breakthroughs may be likely in the next few years.
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发表时间：
2015-01-02
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
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通讯作者：
Besansky NJ