NMR second site screening for structure determination of ligands bound in the hydrophobic pocket of HIV-1 gp41.
NMR second site screening for structure determination of ligands bound in the hydrophobic pocket of HIV-1 gp41.
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DOI：
10.1021/ja8094558
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发表时间：
2009-03-04
影响因子：
15
通讯作者：
Gochin M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Balogh E;Wu D;Zhou G;Gochin M
通过合理的药物设计开发非肽融合抑制剂一直受到高度疏水性的 gp41 卷绕线圈靶标的可及性有限以及缺乏定义小分子相互作用细节的结构数据的阻碍。在这里，我们描述了一种新方法，用于获取结合在 gp41 疏水口袋中的小分子的结构信息，使用顺磁性探针肽，该顺磁性探针肽沿着延伸的卷曲线圈与口袋相邻。口袋中的配体结合导致配体质子的顺磁弛豫效应或赝接触位移。这些效应取决于距离和/或方向，从而可以确定口袋中的配体姿势。该方法通过快速交换配体进行了演示。以不同的卷曲螺旋和探针肽比率进行多次测量能够准确确定 NMR 参数。使用标记的探针肽可以稳定原本容易聚集的卷曲线圈，并且还可以调节顺磁效应以研究各种亲和力的配体。最终，该技术可以为非肽融合抑制剂的基于结构的设计提供重要信息。
The development of non-peptide fusion inhibitors through rational drug design has been hampered by the limited accessibility of the gp41 coiled coil target, which is highly hydrophobic, and the absence of structural data defining details of small molecule interactions. Here we describe a new approach for obtaining structural information on small molecules bound in the hydrophobic pocket of gp41, using a paramagnetic probe peptide which binds adjacent to the pocket along an extended coiled coil. Ligand binding in the pocket leads to paramagnetic relaxation effects or pseudocontact shifts of ligand protons. These effects are distance and / or orientation dependent, permitting determination of ligand pose in the pocket. The method is demonstrated with a fast-exchanging ligand. Multiple measurements at different coiled coil and probe peptide ratios enabled accurate determination of the NMR parameters. Use of a labeled probe peptide stabilizes an otherwise aggregation-prone coiled coil, and also enables modulation of the paramagnetic effect to study ligands of various affinities. Ultimately, this technique can provide essential information for structure-based design of non-peptide fusion inhibitors.
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影响因子：
64.5
作者：
Eckert, DM;Malashkevich, VN;Kim, PS
通讯作者：
Kim, PS
影响因子：
15
作者：
Jahnke, W;Perez, LB;Nalin, CM
通讯作者：
Nalin, CM
影响因子：
4.8
作者：
Wexler-Cohen, Y;Johnson, BT;Shai, Y
通讯作者：
Shai, Y
影响因子：
15
作者：
John, Michael;Pintacuda, Guido;Otting, Gottfried
通讯作者：
Otting, Gottfried
DOI：
10.1073/pnas.0601036103
发表时间：
2006-09-19
影响因子：
11.1
作者：
Frey, Gary;Rits-Volloch, Sophia;Harrison, Stephen C.
通讯作者：
Harrison, Stephen C.