PolNet: A Tool to Quantify Network-Level Cell Polarity and Blood Flow in Vascular Remodeling.
PolNet: A Tool to Quantify Network-Level Cell Polarity and Blood Flow in Vascular Remodeling.
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DOI：
10.1016/j.bpj.2018.03.032
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发表时间：
2018-05-08
影响因子：
3.4
通讯作者：
Franco CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bernabeu MO;Jones ML;Nash RW;Pezzarossa A;Coveney PV;Gerhardt H;Franco CA
在本文中，我们介绍了PolNet，一个用于研究血管形态发生过程中血流和细胞水平生物活性的开源软件工具。我们提供了一种图像采集、分割和分析方案，以量化整个体内血管网络中的内皮细胞极性。同时，我们使用计算流体动力学来表征所研究的血管网络的血流动力学。据我们所知，该工具首次能够对单个内皮细胞的极性和流动进行网络级分析。到目前为止，PolNet已经被证明在血管形成过程中内皮细胞极化和迁移的研究中是无价的，正如最近的两篇论文所证明的那样。此外，该工具可以很容易地扩展到在细胞/分子水平上将血流与其他实验观察相关联。我们在较宽松通用公共许可协议下发布我们工具的源代码。
In this article, we present PolNet, an open-source software tool for the study of blood flow and cell-level biological activity during vessel morphogenesis. We provide an image acquisition, segmentation, and analysis protocol to quantify endothelial cell polarity in entire in vivo vascular networks. In combination, we use computational fluid dynamics to characterize the hemodynamics of the vascular networks under study. The tool enables, to our knowledge for the first time, a network-level analysis of polarity and flow for individual endothelial cells. To date, PolNet has proven invaluable for the study of endothelial cell polarization and migration during vascular patterning, as demonstrated by two recent publications. Additionally, the tool can be easily extended to correlate blood flow with other experimental observations at the cellular/molecular level. We release the source code of our tool under the Lesser General Public License.
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影响因子：
9.8
作者：
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通讯作者：
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作者：
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