Phylogeny reconstruction using duplicate genes
Phylogeny reconstruction using duplicate genes
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DOI：
10.1093/oxfordjournals.molbev.a026327
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发表时间：
2000-04-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Nixon, KC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Simmons, MP;Bailey, CD;Nixon, KC
在本文中，我们提出了一种新方法（单节点编码），用于编码重复（旁系同源）基因以推断物种树。 Uninode 编码将来自重复和不重复基因拷贝的数据合并到类群的系统发育分析中。 Uninode 编码通过包含重复和不重复的基因副本来利用全局简约性，允许将分类单元中的所有数据源编码到单个终端中，并克服重复和不重复的基因副本之间的字符依赖性问题。我们展示了一个使用 Donoghue 和 Mathews 研究中的光敏色素 A 和光敏色素 C 数据进行单节点编码的示例。
in this paper, we propose a new method (uninode coding) for coding duplicate (paralogous) genes to infer species trees. Uninode coding incorporates data from duplicated and unduplicated gene copies in phylogenetic analyses of taxa. Uninode coding utilizes global parsimony through the inclusion of both duplicated and unduplicated gene copies, allows one to code all data sources from a taxon into a single terminal, and overcomes problems of character dependence among duplicated and unduplicated gene copies. We present an example of uninode coding using the phytochrome A and phytochrome C data from a study by Donoghue and Mathews.