Next-generation HLA sequencing using the 454 GS FLX system.
Next-generation HLA sequencing using the 454 GS FLX system.
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使用 454 GS FLX 系统进行下一代 HLA 测序。
DOI：
10.1007/978-1-62703-493-7_10
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Holcomb,CherieL
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Trachtenberg,ElizabethA;Holcomb,CherieL
本文详细描述了使用454 Life Sciences GS FLX系统和Titanium化学品对HLA I类和II类基因座（HLA-A、HLA-B、HLA-C、DRB 1、DRB 3、DRB 4、DRB 5、DQA 1、DQB 1、DPB 1）进行的下一代测序（NGS）。还介绍了该协议的概述以及我们使用GS FLX系统进行序列性能效率、读取深度和模糊性分析的经验。在使用GS FLX对每个平板多达44个样本进行基于扩增子的克隆焦磷酸测序时，共使用了14对具有多重标识符（MID）的HLA引物对。使用Conexio Assign ATF 454软件进行基因型分配和模糊性减少分析。克隆NGS在分析高度复杂的HLA系统过程中显著减少了基因分型的模糊性。
Next-generation sequencing (NGS) of HLA class I and II loci (HLA-A, HLA-B, HLA-C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPB1) is described here in detail using the 454 Life Sciences GS FLX System and Titanium chemistry. An overview of the protocol with our experience on sequence performance efficiencies, read depth and ambiguity analyses using the GS FLX System are also presented. A total of 14 HLA primer pairs with multiplex identifiers (MIDs) are used in clonal, amplicon-based pyrosequencing of up to 44 samples per plate using the GS FLX. Genotype assignment and ambiguity reduction analysis is performed using Conexio Assign ATF 454 software. Clonal NGS gives a significant reduction in genotyping ambiguity during analysis of the highly complex HLA system.