A web-database of mammalian morphology and a reanalysis of placental phylogeny.
A web-database of mammalian morphology and a reanalysis of placental phylogeny.
复制标题
哺乳动物形态的网络数据库和胎盘系统发育的重新分析。
DOI：
10.1186/1471-2148-7-108
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发表时间：
2007-07-03
影响因子：
3.4
通讯作者：
Asher RJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Asher RJ
最近关于胎盘哺乳动物序间系统发育的出版物集中在一个共同信号上，该信号由四种主要辐射组成，但关于胎盘根的一些模糊性。重建这些关系所用的 DNA 数据可以很容易地从公共数据库中获取；获得形态特征要困难得多。在这里，我提出了一个关注胎盘哺乳动物形态特征的图形网络数据库，并结合胎盘哺乳动物系统发育的组合数据系统发育分析。这些结果强化了关于现存胎盘哺乳动物分支 Afrotheria、Xenarthra、Euarchontoglires 和 Laurasiatheria 的共识。应用于所有 DNA 序列的未加权简约性和现存类群的插入-缺失 (indel) 特征仅支持鼠科啮齿动物的胎盘根；结合形态学，这转变为非洲兽亚目。对形态、插入缺失和 DNA 的贝叶斯分析支持了非洲兽亚目的基础位置和白垩纪真兽亚目在冠胎盘之外的位置。根据第三个密码子位置的处理，几种化石（Leptictis、Paleoparadoxia、Plesiorycteropus 和 Zalambdalestes）的亲和力会有所不同，突出了序列数据对缺失此类数据的化石的潜在影响。合并的数据集支持胎盘哺乳动物根部位于 Afrotheria 或 Xenarthra 处，而不是位于 Erinaceus 或啮齿类动物处。在组合数据分析中，即使是很小的形态数据集也会对根的位置产生显着影响。为了更好地重建几个化石类群的位置，需要额外的形态学数据；这里提供的图形丰富、基于网络的形态数据矩阵将使将更多分类单元合并到更大的数据矩阵中变得更容易。
Recent publications concerning the interordinal phylogeny of placental mammals have converged on a common signal, consisting of four major radiations with some ambiguity regarding the placental root. The DNA data with which these relationships have been reconstructed are easily accessible from public databases; access to morphological characters is much more difficult. Here, I present a graphical web-database of morphological characters focusing on placental mammals, in tandem with a combined-data phylogenetic analysis of placental mammal phylogeny. The results reinforce the growing consensus regarding the extant placental mammal clades of Afrotheria, Xenarthra, Euarchontoglires, and Laurasiatheria. Unweighted parsimony applied to all DNA sequences and insertion-deletion (indel) characters of extant taxa alone support a placental root at murid rodents; combined with morphology this shifts to Afrotheria. Bayesian analyses of morphology, indels, and DNA support both a basal position for Afrotheria and the position of Cretaceous eutherians outside of crown Placentalia. Depending on treatment of third codon positions, the affinity of several fossils (Leptictis,Paleoparadoxia, Plesiorycteropus and Zalambdalestes) vary, highlighting the potential effect of sequence data on fossils for which such data are missing. The combined dataset supports the location of the placental mammal root at Afrotheria or Xenarthra, not at Erinaceus or rodents. Even a small morphological dataset can have a marked influence on the location of the root in a combined-data analysis. Additional morphological data are desirable to better reconstruct the position of several fossil taxa; and the graphic-rich, web-based morphology data matrix presented here will make it easier to incorporate more taxa into a larger data matrix.
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