bwtool: a tool for bigWig files.
bwtool: a tool for bigWig files.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu056
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发表时间：
2014-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Beato M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pohl A;Beato M
BigWig 文件是一种压缩、索引、二进制格式，用于计算（例如 GC 百分比）或实验（例如 ChIP-seq/RNA-seq 读取深度）的全基因组信号数据。 bwtool 是一款旨在快速有效地读取 bigWig 文件的工具，提供提取数据并以多种方式（全局或特定区域）汇总数据的功能。此外，该工具还能够将信号数据的位置从一个基因组组装转换为另一个基因组组装，也称为“提升”。我们相信 bwtool 对于经常处理 bigWig 数据的分析师来说非常有用，bigWig 数据正在成为表示基因组功能信号的标准格式。本文包含运行该软件的补充示例。可用性和实现：C 源代码可根据 GNU 公共许可证 v3 在 http://cromatina.crg.eu/bwtool 上免费获取。联系方式：andrew.pohl@crg.eu、andypohl@gmail.com 补充信息： 补充数据可在生物信息学在线获取。
BigWig files are a compressed, indexed, binary format for genome-wide signal data for calculations (e.g. GC percent) or experiments (e.g. ChIP-seq/RNA-seq read depth). bwtool is a tool designed to read bigWig files rapidly and efficiently, providing functionality for extracting data and summarizing it in several ways, globally or at specific regions. Additionally, the tool enables the conversion of the positions of signal data from one genome assembly to another, also known as ‘lifting’. We believe bwtool can be useful for the analyst frequently working with bigWig data, which is becoming a standard format to represent functional signals along genomes. The article includes supplementary examples of running the software. Availability and implementation: The C source code is freely available under the GNU public license v3 at http://cromatina.crg.eu/bwtool. Contact: andrew.pohl@crg.eu, andypohl@gmail.com Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
影响因子：
48
作者：
Katz, Yarden;Wang, Eric T.;Airoldi, Edoardo M.;Burge, Christopher B.
通讯作者：
Burge, Christopher B.
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Ahmed I;Amode MR;Barrell D;Beal K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fairley S;Fitzgerald S;Gil L;García-Girón C;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Komorowska M;Kulesha E;Longden I;Maurel T;McLaren WM;Muffato M;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ritchie GR;Ruffier M;Schuster M;Sheppard D;Sobral D;Taylor K;Thormann A;Trevanion S;White S;Wilder SP;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Dunham I;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Johnson N;Kinsella R;Parker A;Spudich G;Yates A;Zadissa A;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
12.3
作者：
Zhang, Yong;Liu, Tao;Meyer, Clifford A.;Eeckhoute, Jerome;Johnson, David S.;Bernstein, Bradley E.;Nussbaum, Chad;Myers, Richard M.;Brown, Myles;Li, Wei;Liu, X. Shirley
通讯作者：
Liu, X. Shirley