Automated eukaryotic gene structure annotation using EVidenceModeler and the Program to Assemble Spliced Alignments.
Automated eukaryotic gene structure annotation using EVidenceModeler and the Program to Assemble Spliced Alignments.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-1-r7
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发表时间：
2008-01-11
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Wortman, Jennifer R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Haas, Brian J.;Salzberg, Steven L.;Zhu, Wei;Pertea, Mihaela;Allen, Jonathan E.;Orvis, Joshua;White, Owen;Buell, C. Robin;Wortman, Jennifer R.
EVM是一个自动化的注释工具，可以预测真核基因的蛋白质编码区、选择性剪接转录本和非翻译区。 EVM是一个自动化的真核基因结构注释工具，它将真核基因结构报告为所有可用证据的加权共识。EVM与拼接比对程序（PASA）相结合，产生了一个全面的、可配置的注释系统，可以预测蛋白质编码基因和选择性剪接异构体。我们对水稻和人类基因组序列的实验表明，EVM产生的自动化基因结构注释接近人工策展的质量。
EVidenceModeler (EVM) is an automated annotation tool that predicts protein-coding regions, alternatively spliced transcripts and untranslated regions of eukaryotic genes. EVidenceModeler (EVM) is presented as an automated eukaryotic gene structure annotation tool that reports eukaryotic gene structures as a weighted consensus of all available evidence. EVM, when combined with the Program to Assemble Spliced Alignments (PASA), yields a comprehensive, configurable annotation system that predicts protein-coding genes and alternatively spliced isoforms. Our experiments on both rice and human genome sequences demonstrate that EVM produces automated gene structure annotation approaching the quality of manual curation.
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