Phylogenetic tree based on complete genomes using fractal and correlation analyses without sequence alignment
Phylogenetic tree based on complete genomes using fractal and correlation analyses without sequence alignment
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基于完整基因组的系统发育树，使用分形和相关性分析，无需序列比对
DOI：
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发表时间：
2006
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
生物体的全基因组为研究它们的系统发育关系提供了大量的信息。同样，叶绿体的完整基因组也有助于解决光合真核生物中叶绿体的进化问题。本文介绍了两种基于分形理论和动态语言的全基因组系统发生树构建算法。这些算法是我们的研究小组在过去几年中开发的。我们建立的109个原核生物和真核生物的系统发育树与biologis基于16 S-like rRNA基因的“生命树”在大多数基本分支和大多数低级分类群中一致。系统发育分析还表明，叶绿体基因组分为两个主要分支，分别对应于绿藻s.l.和rhodophytes s.l.叶绿体之间的相互关系在很大程度上与目前对叶绿体进化的理解一致。
The complete genomes of living organisms have provi ded much information on their phylogenetic relationship s. Similarly, the complete genomes of chloroplasts hav e helped resolve the evolution of this organelle in photosyn thetic eukaryotes. In this review, we describe two algorit hms to construct phylogenetic trees based on the theories f fractals and dynamic language using complete genomes. These algorithms were developed by our research group in the past few years. Our distance-based phylogenetic tree of 109 prokaryotes and eukaryotes agrees with the biologis ts’ “tree of life” based on the 16S-like rRNA genes in a majorit y of basic branchings and most lower taxa. Our phylogenetic a nalysis also shows that the chloroplast genomes are separat d into two major clades corresponding to chlorophytes s.l. and rhodophytes s.l. The interrelationships among the chloroplasts are largely in agreement with the current understan ding on chloroplast evolution.
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DOI：
10.1073/pnas.96.18.10248
发表时间：
1999-08-31
影响因子：
11.1
作者：
Turmel, M;Otis, C;Lemieux, C
通讯作者：
Lemieux, C
影响因子：
2.4
作者：
Anh, VV;Lau, KS;Yu, ZG
通讯作者：
Yu, ZG
DOI：
--
发表时间：
2001
期刊：
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影响因子：
--
作者：
G. McFadden
通讯作者：
G. McFadden
影响因子：
56.9
作者：
FITCH, WM;MARGOLIASH, E
通讯作者：
MARGOLIASH, E
影响因子：
56.9
作者：
FRASER, CM;GOCAYNE, JD;VENTER, JC
通讯作者：
VENTER, JC