Histone-fold domain protein NF-Y promotes chromatin accessibility for cell type-specific master transcription factors.
Histone-fold domain protein NF-Y promotes chromatin accessibility for cell type-specific master transcription factors.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2014.07.005
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发表时间：
2014-09-04
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Jothi, Raja
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Oldfield, Andrew J.;Yang, Pengyi;Conway, Amanda E.;Cinghu, Senthilkumar;Freudenberg, Johannes M.;Yellaboina, Sailu;Jothi, Raja
细胞类型特异性主转录因子（TF）在确定细胞身份和功能中起着至关重要的作用。然而，无处不在的因素在细胞身份的规范中发挥的作用仍然没有得到充分的认识。在这里，我们表明，无处不在的CCAAT结合NF-Y复合物是维持胚胎干细胞（ESC）身份所必需的，是核心多能性网络的重要组成部分。在ESC和神经元中的全基因组研究揭示，NF-Y不仅通过细胞类型不变的启动子近端结合来调节具有管家功能的基因，而且还通过与具有主TF的细胞类型特异性增强子结合来调节细胞身份所需的基因。从机制上讲，NF-Y独特的DNA结合模式通过促进允许的染色质构象来促进增强子处的主/先锋TF结合。我们的研究揭示了组蛋白折叠结构域（HFD）蛋白NF-Y在促进染色质可及性方面的概念上独特的功能，并表明具有类似结构和DNA结合特性的其他HFD蛋白可能以类似的方式发挥作用。
Cell type-specific master transcription factors (TFs) play vital roles in defining cell identity and function. However, the roles ubiquitous factors play in the specification of cell identity remain underappreciated. Here we show that the ubiquitous CCAAT-binding NF-Y complex is required for the maintenance of embryonic stem cell (ESC) identity and is an essential component of the core pluripotency network. Genome-wide studies in ESCs and neurons reveal that not only does NF-Y regulate genes with housekeeping functions through cell type-invariant promoter-proximal binding, but also genes required for cell identity by binding to cell type-specific enhancers with master TFs. Mechanistically, NF-Y’s distinct DNA-binding mode promotes master/pioneer TF binding at enhancers by facilitating a permissive chromatin conformation. Our studies unearth a conceptually unique function for histone-fold domain (HFD) protein NF-Y in promoting chromatin accessibility and suggest that other HFD proteins with analogous structural and DNA-binding properties may function in similar ways.
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