KMC 3: counting and manipulating k-mer statistics
KMC 3: counting and manipulating k-mer statistics
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx304
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发表时间：
2017-09-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Deorowicz, Sebastian
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kokot, Marek;Dlugosz, Maciej;Deorowicz, Sebastian
摘要：在给定的数据集中对所有k - 聚体进行计数是许多生物信息学应用中的一个标准流程。我们介绍KMC3，它是对之前KMC2算法的重大改进，同时还介绍了用于操作k - 聚体数据库的KMC工具。这些工具的实用性在一些实际问题中得以展示。
A Summary: Counting all k-mers in a given dataset is a standard procedure in many bioinformatics applications. We introduce KMC3, a significant improvement of the former KMC2 algorithm together with KMC tools for manipulating k-mer databases. Usefulness of the tools is shown on a few real problems.