mGene.web: a web service for accurate computational gene finding.
mGene.web: a web service for accurate computational gene finding.
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DOI：
10.1093/nar/gkp479
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rätsch G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schweikert G;Behr J;Zien A;Zeller G;Ong CS;Sonnenburg S;Rätsch G
我们描述mGene。为真核生物DNA序列蛋白质编码基因全基因组预测的网络服务。它为识别基因结构提供了预先训练的模型，包括越来越多的生物体中的非翻译区域。mGene。用户只需按下一个按钮，就可以用自己的其他生物体数据来训练系统，这一功能将大大加快新测序基因组的注释速度。该系统以高度模块化的方式构建，因此框架的各个组件，如启动子预测工具或剪接位点预测器，可以自主使用。潜在的基因发现系统mGene基于判别机器学习技术，其高精度已在线虫基因组的国际竞争中得到证明。mGene。web可在http://www.mgene.org/web上获得，它是免费的，可用于小到中等大小（几百Mbp）的真核生物基因组。
We describe mGene.web, a web service for the genome-wide prediction of protein coding genes from eukaryotic DNA sequences. It offers pre-trained models for the recognition of gene structures including untranslated regions in an increasing number of organisms. With mGene.web, users have the additional possibility to train the system with their own data for other organisms on the push of a button, a functionality that will greatly accelerate the annotation of newly sequenced genomes. The system is built in a highly modular way, such that individual components of the framework, like the promoter prediction tool or the splice site predictor, can be used autonomously. The underlying gene finding system mGene is based on discriminative machine learning techniques and its high accuracy has been demonstrated in an international competition on nematode genomes. mGene.web is available at http://www.mgene.org/web, it is free of charge and can be used for eukaryotic genomes of small to moderate size (several hundred Mbp).
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