Development of the CHARMM Force Field for Lipids.
Development of the CHARMM Force Field for Lipids.
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DOI：
10.1021/jz200167q
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mackerell AD Jr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pastor RW;Mackerell AD Jr
CHARMM 添加剂全原子脂质力场 (FF) 的发展可以追溯到 1990 年代初期，一直到 2010 年发布的最新版本 (C36)。尽管早期版本的模拟产生了有用的结果，但它们未能重现两个重要的量：实验双层表面积的零表面张力，以及甘油和上链碳中氘序参数的特征分裂。基于高级量子力学数据和自由能模拟的参数系统优化已经解决了这些问题，并且可以使用 C36 在无张力系综中模拟具有各种脂质的双层。还讨论了与其他全原子脂质 FF 相关的问题、C36 FF 的成功和局限性以及正在进行的开发。
The development of the CHARMM additive all-atom lipid force field (FF) is traced from the early 1990’s to the most recent version (C36) published in 2010. Though simulations with early versions yielded useful results, they failed to reproduce two important quantities: a zero surface tension at the experimental bilayer surface area, and the signature splitting of the deuterium order parameters in the glycerol and upper chain carbons. Systematic optimization of parameters based on high level quantum mechanical data and free energy simulations have resolved these issues, and bilayers with a wide range of lipids can be simulated in tensionless ensembles using C36. Issues associated with other all-atom lipid FFs, success and limitations in the C36 FF and ongoing developments are also discussed.
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影响因子：
3.3
作者：
Klauda, Jeffery B.;Venable, Richard M.;Freites, J. Alfredo;O'Connor, Joseph W.;Tobias, Douglas J.;Mondragon-Ramirez, Carlos;Vorobyov, Igor;MacKerell, Alexander D., Jr.;Pastor, Richard W.
通讯作者：
Pastor, Richard W.
影响因子：
2.9
作者：
GALLY, HU;PLUSCHKE, G;SEELIG, J
通讯作者：
SEELIG, J
影响因子：
3.3
作者：
Lipfert, Jan;Columbus, Linda;Doniach, Sebastian
通讯作者：
Doniach, Sebastian
影响因子：
4.4
作者：
Horn, HW;Swope, WC;Head-Gordon, T
通讯作者：
Head-Gordon, T
影响因子：
5.5
作者：
Guvench, Olgun;Hatcher, Elizabeth;Venable, Richard M.;Pastor, Richard W.;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.